1944年 ，盟军在诺曼底登陆以后 ，纳粹德国大势已去 ， 欧洲战场战斗的结束近在眼前 。 此时美国开始四处搜罗德军残存的科学家和科研仪器 。 为的是不让他们落入苏联的手中 。 很快他们便俘获了一批德国“铀俱乐部”的科学家们 。 不过那时候 ， 海森堡已经提前逃回到了厄菲尔德（Urfeld）的家中 。 当时厄菲尔德（Urfeld）还掌控在德军手中 。 但是盟军怎么可能错过“铀俱乐部”的总负责人呢 。 他们派出了一支精锐小部队 ， 与1945年5月3日 ， 也就是希特勒自杀后的第三天 ， 到海森堡的家中捕获了他 。
随后 ， 海森堡和另外几名最有名的德国科学家被秘密送往英国 ， 接受调查 。 他们被关在了剑桥附近的一幢装满了窃听器的别墅中 ， 这栋别墅当时被称为“农园堂” （Farm Hall） 。
1945年5月7日 ， 德国宣布投降 。 此时的法西斯帝国中 ， 只剩下日本还在做垂死的抵抗 。
8月6日晚上 ， 美国在广岛投下原子弹的消息 ， 让每一位德军科学家惊的目瞪口呆 。
在《海森堡的战争》一书中 ， 有这样一段记载：说海森堡在英国接受调查期间 。 当得知美国在广岛、长崎投下原子弹之后 。 立刻起身开始给其他科学家上起课来 。 讲述原子弹的制造物理原理 ， 说的头头是道 。 好像突然间思路畅通了一样 ， 又或者说也许海森堡思路从来就没有被堵住过 。 事后 ， 所有人听到监听录音都感到无比的惊恐 。 彼此讨论说 ， 或许美国情报单位一度打算绑架他或杀掉他 ， 是完全正确的 。
随着日本的投降 ， 二战很快宣布结束 ， 这些科学家们也都被释放了 。
对于 ， 美国首先研发出原子弹反应最为激烈的 ， 莫过于当初发现重核裂变反应的德国物理学家哈恩（Otto Hahn）了 。 他情绪崩溃的指责海森堡就是个“二流的家伙” ， 竟然会犯如此低级的计算错误 。 这样的错误 ， 甚至连一个普通的物理系学生都不会犯 。
德国“铀俱乐部”的总负责人海森堡 ， 一时之间被推向了舆论的风口浪尖 。 舆论都对德国为什么没能制造出原子弹 ， 产生了极大的兴趣 。
此时 ， 海森堡自己站出来 ， 发表了一篇声明 ， 强调了两点 。 第一 ， 重核裂变反应是德国科学家哈恩（Otto Hahn）在1938年首先发现的 。 德国科学家和盟国科学家在理论和技术上的优势是相同的 。 言外之意 ， 就是德国没造出来原子弹并不是因为能力不够 。 第二 ， 海森堡说道 ， 他一开始就意识到了原子弹可能给人类引发灾难 ， 所以不愿意打开这个潘多拉魔盒 ， 但与此同时 ， 他的爱国心和对德国的责任感又迫使他不得不投入到工作中去 。 那么他能阻止灾难的唯一方式 ， 就是消极怠工 ， 并且夸大制造原子弹的难度 ， 由此来使高层相信原子弹在短期内无法开发出来 。
这里要指出的一点是 ， 海森堡虽然和无数的德国人一样 ，非常爱国 ， 希望德国能够变强变大 。 但是却不认同希特勒和纳粹政党的很多做法 。 早在二战前 ， 遭到纳粹迫害而逃亡的很多犹太裔科学家中 ， 不乏海森堡的至交好友 ， 同事 ， 学生 。 后来 ， 随着反犹太运动持续升温 ， 矛头甚至指向非犹太裔的海森堡 。 因为自年轻时就非常崇拜爱因斯坦 ， 海森堡甚至一度被指责说 ， 他所从事的量子力学和相对论等研究 ， 就是“犹太物理学” 。 本人也被诬为“白色犹太人” 。
不过不管怎么样 ， 海森堡对于他计算错误的这一套说辞 ， 不但捍卫了德国的科学优势 ， 也为自己加上了一层道德的光环 。 可谓两全其美 。
当然了他的这种说法有很多人也是不买账的 。 1992年 ， 美国霍夫斯特拉大学（Hofstra University）大学的历史学家戴维.卡西迪（David Cassidy）出版了著名的海森堡传记《不确定性：海森堡传》 。 他在书中详细分析了海森堡所说的 ， 那些可以证明他早就知道正确计算数字的证据 。 并且说道 ， 这些所谓的证据都是模糊不清 ， 经不起推敲的 。 还说道海森堡没有他自己说的那么伟大 ， 他当年的确就是算错了 。
在海森堡之谜中 ， 还有一幕非常扑所迷离 ， 长期让人们争论不休的场景 。 那就是1941年 ， 海森堡对Niels Bohr (尼尔斯·玻尔)的访问 。 当时丹麦已被德国占领 。 海森堡假借一个学术会议的名头 ， 跑到了哥本哈根去见亦师亦友的玻尔 。 可就是在那次见面之后 ， 俩人多年的情谊竟然一朝了断 。 外界对于那次谈话的内容猜测不断 。 而多年以来玻尔本人也是对此隐讳莫深 ， 绝口不谈 。
有人猜测是 ， 海森堡跑去警告波尔德国正在研发原子弹 。 也有人说 ， 是海森堡试图拉 Bohr加入他们的“铀俱乐部” 。 还有人说是海森堡想要向Bohr打探盟军的军情 。
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