第一天杀人是2004年2月13日夜 ， 马加爵趁唐学李坐在317宿舍内看报纸之机 ， 从衣柜内将事先准备好的铁锤取出 ， 从背后打击唐学李头部致其死亡 ， 随后拿走其随身携带的工商银行灵通卡及手机一部和少量现金 ， 然后将唐学李尸体藏匿于宿舍衣柜内 ， 并用报纸、毛巾和水清理了现场 ， 用事先准备的透明胶带纸 ， 将报纸贴在衣柜内遮挡尸体 ， 然后将衣柜锁住 。
唐学李本来不是马家爵的杀害对象 ， 唐学李本身在校外租房 ， 那几天因为晚上懒得多跑路回去 ， 就暂时住进了马加爵和邵瑞杰住的317宿舍 ， 唐学李的存在成为马加爵杀人的障碍 ， 因此决定先把他除掉 。
唐学李并没有在马加爵的牌局中争吵 ， 也不曾和马加爵有任何过节 ， 在旁人看来 ， 二人甚至还算是不错的朋友 。 唐学李平时喊马加爵马哥 ， 从来没有言语上得罪了马加爵 ， 仅仅因为他无意中妨碍了马加爵的杀人计划 ， 因而被杀 。 马加爵后来解释说不是先后的问题 ， 而是下手的机会来了 ， 他恰好那是在寝室 ， 如果是别人 ， 结果也一样 。
杀人后马加爵打开电脑继续上网 ， 然后睡觉直到第二天 。 可以看出马加爵对利用熟悉的环境作案十分得手 ， 他的杀人及尸体的处理方法简单省事 。
2月13日杀害第一个同学后 ， 第二天吃过晚饭后 ， 马加爵还和几个同学打牌 ， 这时马加爵面色有些憔悴 ， 出牌时也不如平时那么严密 ， 输了好几把 。 2月14日晚23时许 ， 马加爵趁邵瑞杰同学在宿舍洗脚时 ， 用铁锤从背后打击邵瑞杰的头部致其死亡 。
2月15日中午 ， 马加爵正在宿舍里处理头天晚上杀死邵瑞杰时留下的血迹 ， 这时 ， 杨开红碰巧来到317宿舍找马家爵打牌 ， 马家爵担心事情暴露 ， 一不做二不休 ， 用同样的手段杀死了杨开红 。 2月15日晚7点左右 ， 马加爵找到龚博的宿舍 ， 说317宿舍打牌三缺一 ， 叫龚博过去打牌 ， 结果龚博就在当天晚上惨遭马家爵的毒手 。 龚博和马家爵没有矛盾 ， 也没有参加那天的牌局 。 龚博仅仅是因为过生日没有请马加爵 ， 而这件事又被邵瑞杰那天在牌桌上用来教训马加爵：因为你人品不好 ， 所以龚博过生日都没有请你 。 这句话让马加爵怀恨在心 ， 因此遭到他的杀害 。
据马加爵事后称 ， 当时还有一个广西老乡过来找马加爵打牌 ， 马加爵本有杀心 ， 但因为这个人曾经为马加爵到食堂打过饭 ， 因此逃过一劫 。 马加爵作案后于2月15日晚11点左右乘坐昆明至广州的火车逃离昆明 。
马加爵出生于1981年5月4日 ， 系云南大学生命科学学院生物技术专业2000级的学生 。 马加爵来自广西宾阳一个贫穷的农村 ， 家里世代务农 ， 家里两男两女四个孩子 ， 马加爵排行最小 ， 他有朴实善良勤劳的父母 ， 有通情达理爱他的姐姐 ， 他本人也有一个很好的学习过程 。 马加爵读中学时曾获得全国物理竞赛的二等奖 ， 2009年9月他以超过广西重点分数线50多分的高分考进了云南大学 。 2000年马加爵的父亲与母亲带了6000元送马家爵到云南大学读书 ， 交完学费 ， 夫妻俩把剩下的钱全部都给了马加爵 。 应该说 ， 马加爵在家里是一个好孩子 ， 在学校是一个好学生 ， 他的整个成长过程是比较顺利的 。
面对媒体采访时 ， 马加爵的父亲仍认为自己的儿子从小就是一个好孩子 ， 他不应该这么做 ， 他还有几个月他就大学毕业了 ， 他为什么要干这种事？马加爵的父亲实在想不通 。
马加爵杀害的4名同学都是来自于更贫穷农村的学生 ， 和马家爵有电脑玩网游比起来 ， 这4名同学连电脑也买不起 。
唐学李是云南省泸水县县人 ， 本来准备考研究生 ， 但因为家里负担很重 ， 为供他和弟弟读书 ， 已经欠下了大量债务而被迫放弃了考研 。 邵瑞杰是广西苍梧县人 ， 盛瑞杰家境贫困 ， 在他考大学的时候家里就已经外借了7000多元 ， 之后又陆续贷款了1万多元 。 杨开红是云南开元市人 ， 杨开红家境十分贫寒 ， 上高中时的不少衣服班上同学资助的 。 龚博是陕西省勉县人 ， 龚博一家四口 ， 爷爷年老体弱 ， 父母靠种田、做小生意维持生活 。 龚博被杀害前 ， 已经考取了硕士研究生 。
马加爵用了3天的时间杀害了4名同学 ， 更重要的是 ， 每次做完以后他都要收拾现场 ， 然后实施同类行为 ， 他作案井井有条 ， 可以看出 ， 这绝不是因为愤怒而引发出的激情犯罪 。
马加爵的同学对其评价大多是敏感多疑 ， 缺乏跟人交流沟通 ， 有什么事闷在心里 ， 得不到宣泄 。 同时马加爵也是一个非常情绪化的人 ， 这一点从他的日记、逃亡期间的录音带 ， 以及被捕后写给家人的信中都可以看出 。 他的情绪化具体体现在他时常会为一点小事而出现强烈的情绪反应 。 他的中学日记中记录了这样一件事 ， 他曾经因为和奶奶看电视剧发生冲突 ， 他在日记中写到：我好痛恨奶奶 ， 恨死了 ， 恨死了 。
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