例如 ， 假如进化论认为由鸟类逐渐进化为爬行动物 ， 在这个过程中 ， 生物是逐渐改变的 ， 不存在上一代还在天上飞 ， 下一代就没有了翅膀只能做爬行动物 ， 这就意味着物种过渡时期是非常缓慢的 。
因此在这个缓慢的过程中 ， 一定会出现过渡生物 ， 但正是无法找到足够多的过渡生物化石 ， 因此进化论一直被质疑 。
除此之外 ， 这种过渡时期无法解释寒武纪生物大爆发 。
大约5亿4200万年前到5亿3000万年前 ， 寒武纪地层在2000多万年时间内突然出现门类众多的无脊椎动物化石 ， 而在早期更为古老的地层中 ， 长期以来没有找到其明显的祖先化石的现象 ， 被古生物学家称作“寒武纪生命大爆发” ， 简称“寒武爆发” 。
这种大规模的生物种类增长与达尔文进化论持有的观点大相径庭 ， 虽然许多科学家有着不同的解释方法 ， 但始终对于这个疑问不能得到一个统一认同的说法 。
第三个 ， 就是达尔文进化论对于人类起源上的解释也并不全面 。 首先 ， 他并没有从遗传角度上去进行考证 ， 仅仅只是从个体方面上讲述了局部 ， 一些科学家们认为是受当时的科技发展的局限 。
其次 ， 据我们目前的发现来看 ， 人类的发展历史仅有三四百万年 ， 这并不符合进化论的预测 ， 依据进化论的预测情况来看 ， 人类的发展历程应该有一亿两千年左右 ， 而三四百万年未免太快了些 。
这三个问题始终困扰着科学家们的研究 ， 一些人认为这些问题就算是达尔文也无法解释的清楚 。 虽然达尔文的进化论有着一些缺陷之处 ， 但不可否认的是达尔文进化论的确有着它不可代替的优点 。
进化论的优点
达尔文进化论相比当时其他的理论 ， 例如创世论 ， 更加具有科学性 。
达尔文进化论有着大量真实的物证 ， 有着大量证据形成的推测性学说往往与事实更加相近 ， 虽然在进化论中有着一定的错误存在 ， 但这些错误往往是由于在建立学说时 ， 找到的证据不足导致的 。
建立在大量证据上的达尔文进化论相比于当时空口无凭的创世论更具说服力 。
达尔文明确提出了生物的变异和环境是独立的 ， 是发生变异在先 ， 然后环境才起到了一定的选择作用 ， 继而导致的优胜劣汰 。
这虽与当时认为的环境在生物变异中起到诱导作用的观点类似但又有所不同 ， 显然与达尔文的进化论相比 ， 没有达尔文进化论对于生物进化方面的完整 。
不过虽然进化论有着优点 ， 但进化论存在的缺陷仍引起了人们的在意 ， 对于进化论中推测的人类的起源也遭到了质疑 。
人类起源再被质疑
在达尔文的进化论中提到 ， 达尔文认为人类和其他动物没有什么两样 ， 否定了人类的特殊性 ， 同时 ， 他指出人类有可能是由一种古代一种披毛长尾巴的四足树栖动物进化来的 。
将人与动物的特殊性否定 ， 这引起了一些人的不满 。 随着进化论存在的问题被指出 ， 这些人开始质疑进化论推测的人类起源 。
这不是人类起源第一次被质疑 ， 在进化论出现的之前和之后 ， 都出现过各种各样的人类演化的猜测 ， 有些猜想甚至比进化论还要受到人们支持 ， 但最终因为不符合事实逻辑被淘汰 ， 海克尔的胚胎发育重演论就是一个很典型的例子 。
提到海克尔 ， 就难免要说到海克尔这个人其实是达尔文的狂热粉丝 ， 不过因为达尔文与他的观点不同 ， 达尔文并没有跟他有过多的接触 。
海克尔推崇的胚胎发育重演论到底是怎样的呢？
胚胎重演律认为胚胎发育的过程就是动物过去进化路线的重新演绎 ， 即在胚胎的发育过程代表了进化过程 。
海克尔提出了三种假设 ， 第一个假设是高级动物的胚胎发育代表了低级动物的进化；第二个假设是在胚胎发育末期 ， 本来不同物种之间长相相似的胚胎会通过增添减少一些特征来改变模样；
第三个假设是高等生物的胚胎发育早期比低等动物的快 。 按照这种理论来说 ， 我们只要研究胚胎进化路线就能知道物种的进化历程 ， 但事实并非如此 。
在海克尔的胚胎发育重演论发表后 ， 一些科学家通过许多实验发现了海克尔所持有的观点的不正确性 ， 并揭露了他为了让自己的数据看起来真实可靠 ， 使用了众多手法来改变胚胎的样子 。
首先 ， 他选择了长相本来就较为相似的胚胎物种来进行实验 ， 其次 ， 他对胚胎的模样做手脚 ， 尤其是人的胚胎 ， 将它们本来并不相似的模样人为改造成相似的 。
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