随着苏联解体 ， 中亚地区作为曾经苏联的一部分宣告独立 ， 一下子分成五个国家 ， 原先由中央同意调配的河流被各个国家无限制开发 ， 尤其是上游国家大量拦截河水种植农田作物 ， 导致流入咸海的水量急剧减少 ， 最后阿姆河直接断流 ， 锡尔河间接性断流 ， 导致咸海加速干涸 。
反观伊犁河 ， 这条中亚地区水量最大的河流 ， 处于上游的中国依然是大片牧场 ， 并没有拦截河水来大量开垦农田 ， 导致蒸发量巨大的巴尔喀什湖一直水量充沛 ， 伊犁河畔的中亚的最大城市 ， 拥有一百多万人口的阿拉木图也是欣欣向荣 ， 从来没有出现缺水问题 ， 现在哈萨克斯坦一直很亲近中国 ， 也是有这一块的因素 。
咸海的大面积干涸 ， 一方面引起湖水含盐浓度增加 ， 从1960年的11克/升增加到2001年的68克/升；另一方面导致湖底盐碱裸露 ， 在风力作用下 ， 大量盐碱撒向周围地区 ， 使咸海周围地区的沙质平湖平原逐渐沙漠化 ， 流沙迅速发展 ， 形成“白风暴”（含盐的风暴）和盐沙暴 ， 每年要发生几十起盐沙暴 。
进入21世纪 ， 哈萨克斯坦政府采取行动 ， 致力于拯救北咸海 。 该国政府重修了锡尔河的水渠 ， 减少了水流的浪费 。 2003年 ， 该国政府又修建了大坝 ， 它阻断了咸海两部分的流通 ， 以保护北咸海 。
北咸海恢复的速度让人喜出望外 。 北咸海的深度已经从不到30米上升到了38米 ， 达到42米的合理深度指日可待 。 如今 ， 这里恢复了渔业生产 ， 许多渔夫恢复了他们一度中断的工作 ， 捕到的鱼还被出口到乌克兰 。 这种变化甚至可能使多年不见的积雨云又回到这个地区 ， 给当地农业的复苏带来一线希望 。 但是北咸海的面积只有咸海全盛时期的1/20 ， 湖水含盐量也很高 ， 咸海这个原先的世界第四大湖泊 ， 要想恢复原貌任重而道远 。
