以上的问题其实是当时人们认知的局限性所造成的 ， 也对进化论的发展造成了巨大的障碍 。 不过有反对者 ， 也有坚实的拥护者 。
在达尔文提出进化论以后 ， 德国的生物学家恩斯特·海克尔根据观察鱼、蝾螈、乌龟、鸡、猪、牛、兔子、人类的胚胎发育过程发现 ， 所有的物种在胚胎时期的发育到成熟 ， 是对生物进化过程重复再现的过程 。
这个理论被为生物复演说 ， 也就是说 ， 这些生物在胚胎时期都有和鱼相似的特征 ， 然后逐步的发育演化成为了不同的物种 。 看起来就像是重复了一遍生物的进化过程 。
这个理论一度成为了支持进化论的强有力的观点 ， 甚至被写进了生物学教材 ， 长达百年之久 。 而且现在也常被人引用 。
但是恩斯特·海克尔这个人除了是个生物学家以外 ， 还是个教师、艺术家具有非凡的艺术天赋和画画的能力 ， 他在搞科学的时候 ， 经常在严谨的科研和通俗的科普 ， 实事求是的科学和浪漫的艺术之间摇摆不定 。
这就造成了他的观点存在一定的投机取巧的性质 ， 后来经过科学界的证实 ， 恩斯特·海克尔擅自修改了各类动物胚胎发育的图像 ， 故意造假 ， 使得他们具有非常高的相似性 ， 用来支持自己的理论 。
生物胚胎的复演说目前已经被推翻 ， 我们不再以这个理论去支持进化论 。 那么这是否意味着进化论是错误的？进化论面临的问题该如何解决？
过渡化石正如达尔文所说 ， 没有发现只能说还没有找到 ， 并不代表不存在 。 古猿到人类的进化过程中的过渡物种化石在1974年被古生物学家发现 ， 就是我们常听说的露西少女 。
露西少女大约生活在320万年前 ， 从骨盆和腿骨的功能来看 ， 她完全具有现代人类的特征 ， 但是外表却和黑猩猩十分的相似 ， 脑容量的非常小 。
科学家认为露西少年的发现是对进化论的极有利的支持 ， 因为她就是古猿到人类进化过程中的中间过程 。 而且这个发现也解释了一个人类进化的谜题 ， 就是脑部发育在先还是直立行走在先 ， 答案很显然是后者 。
我们还知道现存的鸟类是从恐龙进化而来的 ， 当时的恐龙并未完全灭绝 ， 一些体型较小的兽脚类恐龙存活了下来 。 而始祖鸟化石的发现被认为是爬行动物和鸟类之间的过渡物种 。
除了露西和始祖鸟 ， 我们还发现了一种名叫Tiktaalik的古老鱼类化石 ， 可以追溯到大约3.75亿年前 ， 这种鱼的特殊之处在于在他的肉鳍中发现了具有腕骨和指骨的结构 。
这说明这种鱼已经具备了在陆地上爬行的能力 。 这种鱼被认为是鱼类和两栖动物直接的过渡生物 ， 因此这种鱼和现存的所有陆生生物都有着密切的关系 。 包括人类在内 。
不过值得注意的是 ， 现今生物的过渡化石虽然有大量的发现 ， 但是只有大约上千种和已知的几百万种生物化石比起来简直不值一提 。
为什么会造成这样的现象？生物学家也给出了猜测和解释 ， 首先化石的形成是十分偶然的过程 ， 一个生物能够称为化石保存至今实属难得 。
如果把生物的进化过程看作是一本书的话 ， 那么现今保留下来的化石 ， 只不过是这本书的只言片语的罢了 。 要想完全依靠化石来了解生物的完成演化过程是十分困难的 。
其次就是根据现代生物进化学的观点认为 ， 生物的进化阶段并不是达尔文一开始认为的是一个匀速的过程 ， 而是一个物种会经历长时间的稳定过程 ， 中间的过渡阶段相对于稳定阶段来说时间非常短 ， 所以目前来看保留下来的过渡化石就比较少 ， 甚至难以寻找 。
自然选择如何保留生物的优良基因这个问题 ， 在后来孟德尔基因遗传规律发现以后就得到了解决 ， 父系和母系的基因不是简单的通过互相融合传递给下一代 ， 并不是综合两者的特性 。
而是会通过分离 ， 重组的方式来遗传基因 ， 并且生物的性状由两组基因共同起作用 ， 分为显性和隐形基因 。 达尔文在那个年代根本无法了解这样的知识 ， 所以才会出现困扰 ， 甚至一度向反对者出现妥协 。
目前随着科学技术的发现 ， 我们通过对各个生物的基因进行调查和测序发现 ， 不同物种之间的基因相似度非常高 。
我们人类和黑猩猩基因相似度达到了96% ， 和猫的基因相似度达到了90% ， 和老鼠的基因相似度达到了85% ， 甚至和果蝇的基因相似度达到了61% 。推荐阅读
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