下面 ， 我们以 COF-LZU1 为例 ， 演示一下如何构造二维 COF 晶胞模型 。 首先 ， 绘制这样一条单链
注意两端苯环几何中心的绿点 ， 那是用对称性工具 中的 Centroid 命令做出来的 ， 这两个几何中心点将会发挥重要的作用 。 接下来进行几何优化 ， 目的是修正键长值推荐选择 Dmol3 优化 ， 因为 DMol3 的精度是 MS 同类模块中最高的 ， 键长优化值与实际值误差最小 。
可见经过优化后 ， 键长值更加接近真实值 。 很明显两几何中心间的距离与晶胞 a ， b 边长度的比例为 1/1.732 ， 则可推算出晶胞的 a ， b 棱长度为 22.253 ， c 值我们可以先设为 3.5 ， 构建空晶胞 。 注意晶系的选择 ， 当然我们可以将对称性设为最低 ， 空间群取
P1 ， 然后手动输入 6 个晶胞参数 ， 不过在这个体系下 ， 可以将空间群设为隶属 Tirgonal晶系的 P3（143） 。
建好晶胞后暂时先将对称性降为 P1 ， 再将优化后的链复制进空晶胞所在 xsd 文件 。 目前的任务就是如何将链摆放至准确的位置上了 。 首先 ， 调整链的 z 轴坐标 ， 选择链 ， 在属性栏中修改整体 z 坐标为 0.5 。
接下来调整链的空间位置 ， 目标是使链与水平成 30 度夹角而一个几何中心与原点重合 。 调节角度这时就要借助 Movement 工具条了 ， 点击 按钮调出工具条 。 测量角度后在右边的栏内填入角度值 ， 旋转 。
再选择要平移至原点的几何中心 ， 左下角的属性栏会显示如下内容 ， 将 CentioidXYZ的 XY 值改成零即可 。 完成后大约是下图状态 。
接下来是关键 ， 如图：
删除恢复对称性后会重叠的结构
将对称性升至 P3 ， Rebuild 晶胞 ， 建模工序基本上到这里就完成了 。
但还要做些小修改 ， 节点处的苯环键要手动改回部分双键 ， 一共两处 。
到此为止建模就算完成了 ， 但是 P3 空间群并不能完全体现晶胞的对称性 ， 所以我们还要对晶胞进行一下等价变换 。 点击， 打开“寻找对称性”菜单 ， 点击寻找对称性（判定值约大越有利于找到宏观对称性） ， 直到搜索到 P6/M 空间群 ， 选择应用对称性 ， 则晶胞将会变为背景所示的模式 。 这体现了该 COF 晶胞最全面 ， 最高级的对称性 ， 也就等于是说可以用最少的原子坐标描述该晶胞 ， 我们发表时用的就是这个对称性的晶胞形态 。
【【科研干货】使用Materials Studio构建二维COF 晶胞】接下来还要对得到的晶胞做几何优化 ， 建议采用 CASTEP 或 DMol3 ， 或者 DFTB ， 总之不要用力场系的模块做优化 ， 否则晶胞参数会偏离实验值很多（偏大） 。 如果要结合 PXRD 数据对晶胞参数进行精修 ， 可参照 reflex 模块的教程 ， 二维 COF 晶胞的建模过程到此完成 。
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