幸存的老百姓为了活命 ， 带着少量粮食逃入深山、丛林以躲避灾难 。 久而久之 ， 他们只维持小部落方式生活 ， 不愿意随便回到危险的故乡 ， 加上人口损失太大 ， 玛雅文明由此中断 。
还有一种说法是 ， 玛雅人可能遭遇了可怕的旱灾 。自然 ， 旱灾不是平白无故出现的 ， 同时玛雅人口爆炸以后 ， 胡乱砍伐森林有直接的关系 。 这导致周边生态出现变化 ， 很多河流断绝 ， 加上确实出现天灾 ， 导致玛雅地区很多年没有足够的降雨 。
而玛雅人的农业落后 ， 没有发现有人工的灌溉工程 ， 完全是靠天吃饭 。 连续多年的旱灾 ， 导致大部分人口死亡 ， 旱灾也会引起战争 ， 最终残余人口逃入深山丛林 ， 以打猎和采集野菜野果为生 。 由于这种生活方式 ， 无法维持很多人口 ， 一个部落最多一二百人 ， 导致文明彻底中断 。
一个大胆的推论： 玛雅人消失的根本原因是争夺财富及权利 ， 而引发血腥的、自相残杀的内战！考古人员在坎昆王宫发现了大量的遗骸 ， 从随身的饰件推测出遗骸主人显贵的身份 。 同时 ， 在王宫附近的墓中 ， 发现了贝壳饰品 ， 其上雕刻了“坎·马什”字样 ， 这正是坎昆的一位王的名字 。 坎·马什死于公元800年左右 ， 距离他的墓不远处的那些遭到屠杀的贵族也是在同一时间死亡的 。
权贵之间的争夺 ， 最终都会转嫁到普通百姓身上 ， 繁重的苛捐杂税 ， 以及建造宏伟建筑需要的徭役 ， 都让整个社会中下层人民饱受越来越沉重的负担和苦难 。
还有一种猜测：从玛雅文明的传承来看 ， 玛雅人的后裔完全不了解玛雅的历史 ， 玛雅的来历 ， 玛雅的文字 ， 这说明什么？玛雅人的消失绝对不是因为什么疾病、战争、灾难等等 ， 他们更像是收拾好了一切 ， 主动撤离地球 ， 他们带走了所有的知识 ， 所有的书籍 ， 所有的科技以及历史 。 他们应该是去开辟新的宇宙 。
有人半开玩笑说：莫不是被外星人接走了吧 。 因为在1950年 ， 一位墨西哥的考古学家曾在玛雅的一座废弃的神庙中发现了一个颇为震撼的浮雕 ， 起初还看不懂这幅图的意思 ， 后来将图立起来 ， 发现这竟然是一位“神祗”在操纵飞行器的图像 。此外还有一幅浮雕上有火箭的图案 。 再联系玛雅发达了历法水平 ， 真是有点细思极恐 。 但这样的猜测实在是不够理性 ， 也很没有说服力 。
【宇航员|释疑解惑：玛雅人一夜消失是去哪里呢？人口爆炸导致国家崩溃？】所以总结来说 ， 真正消失的不是玛雅人 ， 而是玛雅文明 ， 而玛雅文明的消失跟天灾人祸都有关联
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