另有潘氏真花等位置未定的古种子植物 ， 部分学者主张其为被子植物 ， 也有学者质疑其为松柏类裸子植物 。 若干项关于被子植物起源时间的研究认为 ， 依据分子钟的结论 ， 被子植物可能起源于侏罗纪甚至三叠纪 ， 但尚无可靠的化石证据支持 ， 分析指出 ， 这可能是由于早期被子植物在生态上并不重要 ， 或者其生活在化石化作用难以发生的环境中 。
5.分类方法（1）植物分类学史植物分类学是一门历史悠久的学科 ， 古希腊哲学家、科学家亚里士多德将植物分为乔木、灌木和草本三大类 ， 他的学生、植物学鼻祖泰奥弗拉斯托斯在《植物志（英语：Historia_Plantarum_(Theophrastus)）》和《植物本原》两部著作中记载了500多种植物 ， 在这些著作中 ， 他按照生殖方式、生境、植株大小、食用、药用价值等对植物进行分类 。 在古代中国 ， 嵇含的《南方草木状》、李时珍的《本草纲目》、吴其濬的《植物名实图考》等著作 ， 也是根据生境、生活型、生态型、生活生产用途等特征进行分类 。 由于这些著作中的分类系统反映的都是人们对植物的认识和使用 ， 而非不同植物之间的亲缘关系 ， 因此它们都是典型的人为分类系统 。
人为分类学的巅峰人物是现代生物分类体系的鼻祖卡尔·冯·林奈 ， 他在《植物种志》中 ， 在Caesalpino、Bauhin、John Ray等前人成果的基础上 ， 提出了以双名法及阶元体系为核心的林奈氏分类法 ， 并为他当时所知的物种提出了双名法形式的学名 。 林奈提出了“性系统” ， 依据花器官的数量等特征为植物分门别类 ， 将植物分为了单雄蕊纲、双雄蕊纲等 。
1858年 ， 查尔斯·达尔文和阿尔弗雷德·拉塞尔·华莱士提出了生物的进化论 ， 在此影响下 ， 新的观念被引入了分类学界 ， 也即 ， 生物的分类系统应当反映出类群间的亲缘关系和系统发生过程 ， 这一阶段分类学的主流思想是进化分类学 ， 相比于林奈时代“上帝创造 ， 林奈整理”的神创论和物种不变论的思想 ， 有了较大的进步 。 相对于古代和林奈时代的人为的分类学 ， 我们将进化分类学称为“自然”的分类学 ， 但是这一阶段主要的证据来自于表型 ， 证据少、主观性强、依赖于分类学家个人的经验和权威、并难以排除趋同演化的影响；而且进化分类学派承认并系群的合理性 ， 而并系群并不是真正的自然类群 ， 这些都使得进化分类学并不是真正自然的分类学 。
德国昆虫学家维利·亨尼希于1965年提出了亲缘分支分类学 ， 也称支序分类学 ， 他主张 ， 只有单系群才是自然类群 ， 才是合理的分类群 ， 任何一个分类群都应该包含其最后共同祖先的全部后代 ， 在实际操作上 ， 应当根据祖征和衍征 ， 按照简约化的方式确定亲缘关系 ， 并依此进行分类 。
随着分子生物学的产生与发展和测序技术的成熟 ， 分子生物学证据逐渐取代了形态学证据成为了系统树主要的数据来源 ， 由于分子生物学证据信息量大 ， 主要的构建算法（邻接矩阵法、贝叶斯法、最大简约法、最大似然法等）计算量庞大 ， 人力难以准确完成 ， 因此现今一般使用计算机软件进行计算 。
（2）藻类藻类传统上被视为植物的一部分 ， 但分子生物学研究显示其不是一个自然类群 。 藻类是由若干种可以进行光合作用的不同类群生物所组成的 ， 但大多数的藻类并不被归类在植物界里 ， 而是被归类在细菌界（蓝藻）、SAR超类群（金藻、褐藻、黄藻、硅藻、甲藻）、定鞭藻门和古虫界（裸藻）里 。
有胚植物是由轮藻演化而来的；二者被合称为链形植物 ， 加上绿藻门共同组成绿色植物 。 传统上绿藻不包含有胚植物 ， 因此为一并系群 ， 但后来因为许多研究显示有胚植物是由轮藻门的一支演化而来 ， 部分研究者开始将两者视为一体 。 这些植物的细胞壁中存在纤维素 ， 质体由内共生的蓝藻演化而来 ， 含有叶绿素 a 以及叶绿素 b ， 不含藻胆素 ， 该类群以没有中心粒的方式行有丝分裂 ， 且具有线粒体 。
红藻具有叶绿素 a 和藻胆蛋白 (phycobiliprotein) ， 类似于大多数蓝藻 。 灰藻具有典型的蓝藻色素 ， 并且其色素体保留了蓝藻的肽聚糖壁 ， 称为蓝小体 (cyanelles) 。
绿藻、红藻和灰藻是最早与蓝藻内共生获得质体的生物类群 ， 它们（包括由绿藻演化来的整个绿色植物）因此被称作“原始色素体生物” 。 相对的 ， 大多数其他藻类的质体则被三至四层细胞器膜包裹 ， 依据核基因组来看 ， 它们和植物的关系并不相近 ， 可能是将绿藻和红藻内共生至自己的细胞内而得来的 。
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