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关于病毒的起源 ， 目前主要有三种假设 。 作为具有遗传物质的有机体 ， 病毒可能是从细胞演化而来 ， 也可能起源自远古时期能自我复制的RNA分子 。
病毒是一种微小的寄生体 ， 在我们所生活的星球上无处不在 。 一个可能会让你震惊的事实是 ， 地球上的病毒数量比宇宙中的恒星还多 。
病毒与地球上其他的生命形式截然不同 ， 既不能说它们是“死”的 ， 但说它们“活着”也有些牵强 。 这些微生物存在的目的只有一个 ， 那就是感染其他生物 ， 无论是细菌、动物还是植物 。
这些感染源从何而来？没有人真正知道答案 。 不过 ， 科学家们提出了三种可能的病毒起源假说 。
01渐进假说
渐进假说（progressive hypothesis） ， 顾名思义 ， 是指病毒由简单的遗传片段发展而成 。 这与人类从类人猿进化而来的过程有些相似 。
该理论认为 ， 病毒只是特殊的遗传信息片段 。 这些基因片段以某种方式获得了在活细胞中自由进出的能力 。 毕竟 ， 病毒实际上只是被蛋白质外壳保护的DNA或RNA片段 。
最有趣的是 ， 这一假说暗示了病毒可能来自于我们自身的基因 。 在我们的基因组中 ， 有一类名为“转座子”的特殊基因 。 转座子也被称为“跳跃基因” ， 足见它们的特殊性 。 这类基因具有从基因组中某个位置“跳跃”到另一个位置的能力 ， 换言之 ， 它们可以从原本的位置解离或通过复制转移到另一个基因位点上 。
这些基因也被认为是自私的 。 它们“希望”自己被复制 ， 并接受更多的能量和“关注” 。 就像兄弟姐妹在争夺父母的感情一样 ， 这些基因也“想要”受到宠爱 。 然而 ， 对于生命的繁荣来说 ， 这是不可行的；所有的基因都很重要 。
因此 ， 这个理论背后的含义就是 ， 病毒实际上正是“跳跃基因” ， 它们在“缺少关注时决定离家出走” ， 由此演变成一股新的势力 。 这也是为什么渐进假说又被称为“逃逸假说”（escape hypothesis）的原因 。 它们获得了离开细胞的能力 ， 与一些蛋白质形成伙伴关系 ， 并一起感染其他细胞；感染后 ， 它们的DNA或RNA会强行进入宿主的基因组 ， 开始复制和加工 。 经过不断的自我复制 ， 它们继续感染其他细胞 。
像人类免疫缺陷病毒（HIV）这样的RNA病毒 ， 其工作方式就像转座子一样 。 它们的RNA在进入细胞后 ， 一种逆转录酶会将其转录为DNA；然后 ， 这些DNA进入宿主的基因组 ， 迫使宿主开始制造病毒蛋白质 。
尽管如此 ， 渐进假说并不能解释一些很明显的问题 ， 比如为什么有些病毒具有细胞所没有的独特结构 ， 如刺突蛋白 。 转座子和病毒在演化史上的出现孰先孰后 ， 目前尚无定论 。
02退化假说
与渐进假说相反 ， 退化假说（regressive hypothesis）并不认为病毒会不断发展 ， 甚至还能为自己考虑 。 事实上 ， 病毒应该是简化的寄生形态 。
一般病毒大小通常在200纳米以下 ， 但有些病毒非常大 ， 比如天花病毒；世界上最大的病毒是拟菌病毒（Mimivirus） ， 直径可达750纳米 ， 相当于一根发丝直径的50倍 。 拟菌病毒的基因组比一些细胞体还大 ， 一开始被误认为是一种革兰氏阳性菌；它们甚至能被更小的病毒感染 。
面对如此巨大的病毒 ， 科学家们开始推测 ， 病毒可能来自于一些非常复杂的祖先有机体 ， 而这些生物可能组成了一种共生关系 。 随着时间的推移 ， 其中一个有机体可能会变得过度依赖另一个有机体 ， 从而失去其繁殖和进行代谢过程所必需的基因 。 在进化上 ， 摆脱这些多余的基因是一个重要的决定：没有必要浪费时间和精力来维护某些功能重复的基因 ， 因为伴侣做了大部分的工作 。
基本上 ， 这就是一种完美的共生关系演变成一种“有毒”的寄生关系 。 于是 ， 病毒出现了！拟菌病毒的感染策略支持了退化假说 。 这种病毒会感染阿米巴变形虫 ， 但它体积很大 ， 基因组也很大 。 可以说 ， 它携带着属于另一个时代的复杂基因 。
总之 ， 病毒实际上是演化成寄生性有机体的受供养细胞 。 演化并没有让它们向前迈进一步 ， 反而是倒退了一步 。
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