清代官方文献上，对于八旗的排序，在入关之前和入关之初，进行了数次修改 。
在史料上，第一次见到八旗的排序，是《满文老档》天命七年四月份，排序为：
1.正黄旗 。2.镶黄旗 。3.正红旗 。4.镶红旗 。5.镶蓝旗 。6.正蓝旗 。7.正白旗 。8.镶白旗 。
当时，正黄旗、镶黄旗的旗主，都是太祖本人；两红旗，旗主皆为礼烈亲王代善，代善在太祖长子褚英被杀后，实际上成为门长，故而他的两个旗排在第二位；镶蓝旗的旗主阿敏，是舒尔哈齐的儿子，太祖的侄子，排在第三位；正蓝旗的莽古尔泰，是太祖的儿子，比镶蓝旗的阿敏小一岁，故而排在第四；正白旗的旗主，是后来的太宗，太宗是太祖的第八子，所以排在哥哥和堂兄的后面；最后镶白旗的旗主是杜度，是褚英的儿子，也是几个旗主的孙子或者侄子，故而排在最后 。
到了《满文老档》天命八年六月十八日和天命十年的时候，余下六旗没有变动，但是镶黄旗取代正黄旗成为了“头旗” 。这实际上是因为，在太祖末年，太祖将两黄旗，逐步分给三个幼子，即阿济格、多尔衮、多铎 。所以最后导致自己亲领的旗分，只有镶黄旗的一部分 。故而，此时居首的旗，自然是镶黄旗 。
类似这样的变化，在清代入关之前还有好几次 。
直到世祖顺治朝中期，八旗的排序才正式确定，而且直到清末，再也没有变动过 。所以我们看清代的史料，如《东华录》、《八旗通志》、《清史稿》等等，对八旗的排序皆为：
1.镶黄旗 。2.正黄旗 。3.正白旗 。4.正红旗 。5.镶白旗 。6.镶红旗 。7.正蓝旗 。8.镶蓝旗 。
正因为这种官方的排序中，镶黄旗一直都作为八旗之首，所以，在清代，有一个专用的名词来称呼镶黄旗，即“头旗” 。
这种格局，实际上也是在尊崇皇室的前提下，对血缘次序的一种尊重 。我们看，镶黄旗、正黄旗、正白旗同属上三旗，由于两黄旗被皇室统帅的时间最长，故而居首 。正红旗的旗主是礼烈亲王代善，是太祖实际上的大宗（门长），在宗室中地位最高，故而作为下五旗之首；镶白旗的旗主是肃武亲王豪格，是太宗的大宗，同为大宗，又是世祖的长兄，作为和皇帝血缘最近的旗，排在太祖大宗正红旗之后 。镶红旗是礼王的支流，紧随其后 。正蓝旗实际上是睿王多尔衮、豫王多铎的遗领，作为太祖的直系后人，排在大宗之后 。而镶蓝旗旗主济尔哈朗，一来是由于血统稍远，二来是由于经历过舒尔哈齐、阿敏两次惩罚，作为太祖兄弟的后裔，排在了最后一位 。
【镶黄旗为啥是八旗之首 为什么镶黄旗为八旗之首】清朝官方文件中提到八旗都是严格按照正确排列，前后顺序是决不能颠倒的 。头旗为镶黄旗，正确的排列是镶黄、正黄、正白；正红、镶白、镶红、正蓝、镶蓝 。
皇帝本人隶属“镶黄旗” 老汗王（努尔哈赤）时期，八旗成立之初，“镶黄旗”即为近卫军 。努尔哈赤独领“镶黄旗” “镶黄旗”的旗色是清代皇帝专用色，是皇权至高无上的象征 “镶黄旗”政治上优于其他旗 。在官员数量上特别是重要的高级官员占有压倒性的优势 。皇后当中“镶黄旗”是人数最多的 。（外戚抬旗一定要入最尊贵的） “镶黄旗”在经济上优于其他旗 。比如田地分配数量，质量 。开国五大臣中的额亦都（镶黄旗）、费英东（镶黄旗） 。康熙辅政四大臣遏必隆（镶黄旗）、鳌拜（镶黄旗） 。一等公傅恒（镶黄旗）郡王福康安（镶黄旗）一等公海兰察（镶黄旗） 佟国维（镶黄旗）隆科多（镶黄旗）萨布素（镶黄旗）李侍饶（镶黄旗）依克唐阿（镶黄旗） 贵族满洲大姓 。（同一姓氏各旗均有分布）“镶黄旗”占有绝对优势 。瓜尔佳氏，钮钴禄氏，佟佳氏，富察氏，章佳氏，马佳氏，那拉氏 。在满族八旗建立初期，隶属于镶黄旗的满族人在八旗各旗中担任“佐领”官职的占整个八旗“佐领”总数的五分之一 。
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