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结构化程序设计缺点有：
1、难以适应大型软件的设计：在大型多文件软件系统中，随着数据量的增大 ， 由于数据与数据处理相对独立 ， 程序变得越来越难以理解 ， 文件之间的数据沟通也变得困难 ， 还容易产生意想不到“副作用” 。
2、程序可重用性差：结构化程序设计方法不具备建立“软件部件”的工具，即使是面对老问题，数据类型的变化或处理方法的改变都必将导致重新设计 。这种额外开销与可重用性相左，称为“重复投入” 。
【结构化程序设计缺点 结构化程序设计的缺点】这些由结构化程序设计的特点所导致的缺陷 ， 其本身无法克服！而越来越多的大型程序设计又要求必须克服它们，这最终导致了“面向对象”设计方法的产生 。
结构化程序设计由迪克斯特拉(E.W.dijkstra)在1969年提出，是以模块化设计为中心 ， 将待开发的软件系统划分为若干个相互独立的模块，这样使完成每一个模块的工作变单纯而明确，为设计一些较大的软件打下了良好的基础 。由于模块相互独立 ， 因此在设计其中一个模块时，不会受到其它模块的牵连，因而可将原来较为复杂的问题化简为一系列简单模块的设计 。模块的独立性还为扩充已有的系统、建立新系统带来了不少的方便，因为我们可以充分利用现有的模块作积木式的扩展 。
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