按照公约和法律 ， 出事船只只在中国境内进行了注册 ， 悬挂的也是中国国旗 ， 因此对案件拥有管辖的权利 。 但惨案发生的地方在缅甸、泰国和老挝三方交界地带 ， 各国的军方和犯罪势力交织在一起 ， 关系无比混乱 ， 想要查清楚这件事情 ， 遇到的困难也可想而知 。
中国外交部首先行动起来 ， 先对中国驻泰国大使馆发布指示 ， 要求他们迅速查明当地情况 ， 做好善后工作 ， 加强对湄公河海域中国船员的保护工作 ， 其他相关机构也迅速行动起来 。
在10月13日 ， 遇难船员的29名家属从我国云南境内出发 ， 前往泰国地区辨认亲人遗体 ， 为死者进行追悼和吊唁 ， 14日安排家属返航 。
10月16日 ， 由云南省外事和公安、交通等部门 ， 联合泰国方对遇害船只进行首次调研工作 ， 随后与泰国方进行了相关问题讨论的座谈会 ， 了解案情情况和进展 ， 督促泰国方能够尽快侦破案件 。
10月28日 ， 警方首先锁定了9名犯罪嫌疑人 ， 而这些嫌疑人 ， 居然是泰国第三军区的士兵 。 接着 ， 我方与泰国方通电话表示 ， 要求泰国方加紧处理案件 ， 中老缅泰能够成立合作机构 ， 共同维护海域的安全 。 随后中方成立了专案组 ， 先后十余次向泰方警方了解案情 。
（注：《湄公河行动》剧中的中国警方）
经过大量的筛选和排查后证实 ， 两艘行驶的商船在该河段是被不法分子非法劫持 ， 并且在船上放置了枪支和毒品进行栽赃陷害 。 经过进一步的分析 ， 将目标锁定在了“金三角”地区大型犯罪集团：糯康组织 。
糯康组织的形成 ， 借了“世界第一毒枭”坤沙得势 。 坤沙死后 ， 糯康 ， 这个浓眉卷发的缅甸国籍的年轻人从坤沙手下上位 ， 还爬上了“金三角教父”的座位 。
为了拿到糯康集团的犯罪证据 ， 专案组对糯康集团的成立、发展、以及从事的犯罪活动等 ， 做了全面又详细的调查 ， 而这一番核实 ， 就花费了近十天的时间 。 随后 ， 专案组又同地方机构进行了对接 ， 获取了泰国方现场勘查报告 ， 验尸报告等十几份材料 ， 四百多页和两百多张照片 。 作为交换 ， 中方也为其他国家提供了六百页的证据材料 ， 以及近百万字的审核报告 。
如此多的文件要审阅 ， 如此多的材料要研究 ， 专案民警们每天看这些东西就要看到凌晨一两点 。 为了能够早日破解案件 ， 专案组里的一些警官十个月都没有回国一次 ， 有得错过了亲人的离开 ， 有人也没能迎接自己孩子的出生……
经过仔细勘查 ， 终于发现了案件发生的缘由 ， 也就是常说的作案动机 。 糯康集团曾经向中国的客商收取“保护费” ， 但是遭到中国客商的拒绝 ， 曾经缅甸的军队在清剿糯康集团时还征用过中国的商船 ， 打死了糯康集团的一些弟兄 ， 因此他们怀恨在心 ， 想要对中国船只进行报复 。 他们不仅勾结了泰国一些不法军人 ， 还从他们那里获得了海域进出权限以及枪支弹药的支援 ， 与他们共同谋划了栽赃中国船队贩毒 ， 并且让泰国那些不法军人查出领功 ， 可谓一举两得 。
案件明晰之后 ， 剩下的活动便是对犯罪集团的抓捕与审讯 ， 但是由于犯罪嫌疑人的狡猾 ， 抓捕的行动遭受到了不小的阻碍 。
c任你狡兔三窟 ， 我们依旧是猛虎糯康在金三角地区经营多年 ， 可谓强力的“地头蛇” ， 还非常狡猾 。 他很少暴露在公共视野中 ， 就算是集团内部也很少有人见到他 ， 闻其名不见其人 。 湄公河案件发生后 ， 他通过消息知道上面在严厉追查这件事情 ， 他也不敢在原来缅甸地区的指挥部多待 ， 而是不断地在缅甸、老挝和泰国三个地区不断游走 ， 谁也不能确定他到底在哪里 。
面对这样狡猾又棘手的敌人 ， 我们的专案组愈战愈勇 ， 与敌人斗智斗勇 ， 最终取得不错的成效 。 据专案组组长刘跃进反馈 ， 糯康是在他逃跑的途中抓获的 ， 而在此之前 ， 专案组有好几次都查到了糯康所在的位置 ， 只不过抓获前总有人通风报信 ， 使其逃脱 。
糯康能够在当地混得风生水起 ， 迟迟不能被抓获 ， 与其手段是分不开的 。 为了能够在当地顺利发展 ， 找到自己的遮蔽伞 ， 得到当地居民的支持 ， 他花费重金贿赂了当地的军人 ， 基层干部 ， 还与当地的普通人称兄道弟 ， 异常亲近 。
（注：剧中糯康集团的小弟）
当专案组人员到达糯康所藏匿的村庄、并将村庄包围时 ， 村民却极其不配合 ， 对抓捕行动造成了极大的阻碍 。 为了针对糯康的这种“龟缩”行为 ， 专案组的同志调整了抓捕的策略 ， 不把一次次抓捕当做目前的重点 ， 而是把重点放在了压榨糯康的生存空间上 ， 缩小其活动范围 。
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