海豚和鲸鱼
大堡礁相对温暖的海水使其成为大约三十种海豚和鲸鱼的首选目的地 。 这些海洋哺乳动物中的一些几乎全年都在水域航行 ， 另一些则游到该地区生育和抚养孩子 ， 而另一些则只是在每年的迁徙过程中经过 。 大堡礁最壮观和最有趣的鲸类动物是座头鲸 。 幸运的游客可以看到五吨重的小须鲸和宽吻海豚 ， 它们喜欢成群结队地旅行 。
儒艮
这些大型的、看起来有点滑稽的哺乳动物是严格的草食性动物 ， 以大堡礁的众多水生植物为食 。 儒艮有时被认为是美人鱼神话的源头 ， 通常被认为与海豚和鲸鱼密切相关 。 虽然儒艮与现代大象有着“最后的共同祖先” ， 但儒艮是海牛的近亲 。 它们的天敌是鲨鱼和咸水鳄鱼 ， 它们只是偶尔冒险进入该地区 ， 但往往会带来血腥的后果 。 今天 ， 据信有超过五万只儒艮在澳大利亚附近 ， 对于这种仍然濒临灭绝的海妖来说 ， 数量的增长令人鼓舞 。
水母
它的诞生还早于恐龙 ， 水母是地球上最古老的生物之一 。 当然 ， 水母根本不是鱼 ， 而是一种凝胶状的无脊椎动物浮游动物（刺胞动物） ， 其身体由多达98%的水组成 。 海龟偏爱以大堡礁的几种本土水母为食 ， 而一些较小的鱼则将它们用作保护 ， 与它们一起游泳并躲在它们缠结的触须中 ， 以抵御捕食者 。 大堡礁附近有超过100种记录在案的水母 ， 包括臭名昭著的刺蓝瓶水母和箱形水母 。 但这些并不是唯一需要警惕的物种 。 伊鲁坎吉水母只有一立方厘米（大约与绿豌豆、橡皮擦笔尖或巧克力片一样大） ， 是世界上最小且毒性最强的水母物种之一 。 虽然水母缺乏大脑或心脏 ， 但包括箱形水母在内的一些水母可以看到 。 箱形水母有二十四个“眼睛”（视觉传感器） ， 其中两个能够解释和区分颜色 。 海洋生物学家认为 ， 这种生物复杂的感官阵列使其成为地球上少数几个可以360度全方位观察周围世界的物种之一 。
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