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噬菌聚合酶变体显示 ， 有明显增加的保真度内在聚合酶保真度 ， 在 DNA 合成过程中从活性位点掺入正确碱基 ， 并排除不正确碱基的能力 ， 是主要的突变率决定因素 。 通过对实验室人群进行诱变处理 ， 已在许多 RNA 病毒中 ， 人工选择了具有改变保真度的聚合酶变体 。 例如 ， 在碱基类似物利巴韦林存在的情况下 ， 脊髓灰质炎病毒的连续传代 ， 导致选择具有三倍保真度的聚合酶变体G64S 。 这种相同的突变 ， 也提高了相关人类肠道病毒的保真度 ， 并且其他氨基酸替代物 ， 如 L123f也已被证明可以改变这种病毒的复制保真度。 柯萨奇病毒也是小核糖核酸病毒家族中肠道病毒属的成员 。
在病毒聚合酶 A372V中 ， 选择的另一种保真变异体病毒聚合酶 A372V ， 在利巴韦林或 5-氮杂胞苷存在下的传代 。 在小核糖核酸病毒之外 ， 后通过基孔肯雅病毒、甲型流感病毒 ， 和西尼罗河病毒的系列 ， 诱变剂处理获得了保真变异体 。 几种抗病毒药物 ， 尤其是许多抗逆转录病毒药物是碱类似物 。 对这些治疗的抗性在 HIV-1 RT 中有很好的记录 ， 其中一些变体改变了复制保真度 ， 如在体外或细胞培养中所确定的 。 内在保真度可以通过位于催化域内部 ， 或外部的残基来确定 。
由于传入核苷酸的三磷酸 ， 部分的重新定向是脊髓灰质炎病毒 ， 聚合酶中的保真检查点 。 更有趣的是研究表明 ， 复制保真度也可以由复制复合物的蛋白质 ， 而不是病毒聚合酶来确定 。 在核苷类似物存在的情况下 ， 基孔肯雅病毒的连续传代 ， 有利于在 RNA 解旋酶 nsP2 中出现 G641D 取代 。 这种变体通过与降低的解旋酶活性、增加的复制动力学和对低核苷酸浓度的抗性 ， 相关的机制提高了复制保真度 。 保真变异证明了 RNA 病毒具有进化调整突变率的能力 ， 以响应作用于突变率或其他特征的选择 。
DNA 病毒突变率也对选择有反应 ， 如早期对噬菌体研究表示 ， 在其中在化学诱变后鉴定了一系列聚合酶变体 。噬菌聚合酶变体显示有明显增加的保真度 ， 与 RNA 病毒中更温和的作用相反 ， 并倾向于映射到病毒聚合酶的 ， 中央手掌和羧基末端拇指亚结构域 。 这种表型可以通过 ， 复制因子的变化赋予 ， 如单链 DNA 结合蛋白或解旋酶蛋白 。 然而 ， 最强的突变表型 ， 突变率增加高达 400 倍 ， 通常是由噬菌中的 30 种 ， 外切核酸酶失活引起的 。 用 1 型单纯疱疹病毒 HSV-1 ， 获得了类似的结果 ， 发现聚合酶结构域的保守区域中的 ， 突变会改变复制保真度 。 包含 Y577H/D581A 替换的 HSV-1 聚合酶突变体是 ， 外切核酸酶缺陷型并表现出突变表型 。
然而 ， 这种变体迅速进化出一种补偿性替代L774F ， 在这种遗传背景下恢复了 DNA 复制的保真度 。 由于RNA 病毒聚合酶通常缺乏这种活性 ， 因此除了冠状病毒之外 ， 无法产生此类突变体 。 此外 ， RNA 病毒的遗传多样性 ， 可能更接近耐受上限 ， 超过该上限 ， 种群遗传负荷增加到与病毒存活不相容的水平 。 所以生化和种群遗传因素 ， 都限制了 RNA 病毒中强突变体的出现 。 虽然复制后修复可能在确定 DNA 病毒突变率 。 但 RNA 病毒突变率受到其他宿主编码因素的强烈影响 。 载脂蛋白 B mRNA 编辑催化多肽样酶 APOBEC是一个细胞胞苷脱氨酶家族 ， 可作为先天细胞防御逆转录病毒 。
【噬菌聚合酶变体显示，有明显增加的保真度】
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