《超级魂斗罗》《魂斗罗》初代剧情发生之后的第二年 ， 也就是2634年 ， 在南美洲的GX军事训练基地 ， 哈尔将军发出了一条求救信号：“我们受到了强烈攻击……那些怪物卷土重来了 。 ”
地球联邦收到信号后 ， 马上意识到了问题的严重性 。 于是再次派遣魂斗罗战士去处理此事 。
魂斗罗发现这些人类战士似乎全都被外星生物控制了 ， 甚至在击杀的时候会变成一只奇怪的异形生物 。
看来之前被消灭的外星异形再次卷土重来！
而这一次他们更加变本加厉 ， 不仅仅是控制人类的思维 ， 而是直接通过细胞入侵了人类的身体 。
整个基地成员无一幸免的全部被外星人感染 ， 而联邦联盟这边为了保密 ， 对外宣传是训练事故 。
在消灭陆地的基地之后 ， 比尔和兰斯发现了通往异形巢穴的通道 。
在六关巢穴中 ， 发现大量正在孵化的异形虫卵 ， 目前它们还无法适应地球的环境 ， 正在拼命进行基因融合 ， 相信在不久之后这些异形就会出现在地面之上 。
在巢穴深处发现了本次入侵的罪魁祸首：天王鬼和他的寄生体九头蛇
但奇怪的是 ， 天王鬼被消灭了之后 ， 异形基地的运作仍然是正常的 。 此时我们才知道 ， 原来幕后黑手并非只有一只 。
在七关地底深处 ， 发现了陰獣魔神像的踪迹 ， 似乎正在排卵 ， 这应该就是它最虚弱的时候 。 几炮就干掉了 。
阴兽魔神像 ， 是巨大的孵化器 ， 主要生产寄生虫、超猛兽、异形和阴兽 。 在第八关 ， 我们遇到了第一只阴兽 ， 也是游戏初期我们遇到的唯一一只雌性的阴兽 。
《魂斗罗3》经过前面的失败 ， 在2636年天王
由于之前的基因融合成功 ， 此时的异形已经适应了地球环境 ， 开始对人类的城市发起了猛攻 。
天王鬼轰炸了一座城市作为警告 。 这次的“入侵”的规模比以前的要大得多 ， 所有的异形生物破除而出 ， 在城市中肆无忌惮地破坏 。
天王鬼兵马倾巢而出 ， 人类武装根本不堪一击 。
本次的两位主角仍然是比尔和兰斯（不过版本不同 ， 人物也是不同的） 。 在主角光环加持之下 ， 魂斗罗战士成功杀入巢穴 ， 先后打败了天王鬼龙神、阴兽进化体、天王鬼、天王创魔心 。
但奇怪的是 ， 消灭了所有外星人的核心部位 ， 异形基地的运转仍然是正常的 。 也就是说还有一个关键的核心部位没有找到 。
最终 ， 两人在地底最深处的秘密巢穴中发现了“頭脳生命体”的踪迹 。
打爆之后 ， 宣告着红隼组织入侵地球的计划完全失败 。
而对于人类幕后神秘组织来说 ， 终于可以将“遗物”据为己有了 。
《魂斗罗4》黑蛇 ， 当年和天王鬼、陰獣魔神像、岩獣魔神像一起降临地球 。 但运气不好 ， 在掉落之后身体几乎被完全破坏了 。 虽然有自我修复的能力 ， 但也需要耗费大量的时间 。
黑蛇同样控制了附近的一个基地 ， 并秘密将自己的身躯放在实验室的玻璃容器之中 ， 静静等待复苏 。
黑蛇胚胎：
多年来 ， 天王鬼和黑蛇一直都有感应 。 但是某一天 ， 天王鬼却突然失去了联系 。 而此时的黑蛇的身体已经完美蜕变 。 于是 ， 《魂斗罗4》的故事展开了 。
黑蛇成虫形态：
黑蛇：天王鬼的妹妹
最初登场于GB平台的《Operation C》 ， 之后再次出现时是在《魂斗罗4》 。
不过版本不同 ， 剧情也是不同的 ， 针对“黑蛇”的介绍有两种说法：
1.某个国家为了研究生化武器 ， 提取了战场中天王鬼残留的的细胞 ， 进行“黑蛇”计划 。 而这个组织也被命名为“黑蛇” ， 他们主要研究天王鬼的细胞 ， 通过克隆的极致打造最完美的生命物种 。 而黑蛇就是出自天王鬼的细胞克隆 。
密封罐中的“黑蛇”
2.黑蛇就是木星神殿的随从 ， 和天王鬼一起降临地球 。 天王鬼之后 ， 展开了一系列的报复计划 。 整个国家的人类全都变成了黑蛇的营养品
在玩家打败黑蛇之后 ， 就会进入她的体内进行战斗 。
《真魂斗罗》看到的并不是真实的 ， 自认为的正义仅仅是他人的阴谋
——这就是真相 。
公元2642年 ， 一个正在建设的超级电磁武器网络发生故障并且爆炸 ， 造成了全球性的毁灭性事故 ， 80%的地球人口丧生 。 而种种迹象表明 ， 比尔就是本起事件的罪魁祸首 ， 甚至他连自己的战斗兰斯都给杀害了 。
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