比尔被判冷冻刑10000万 。
然而五年后 ， 曾经已经消失的“红隼”组织再次卷土重来 ， 而能够对付他们的只有比尔 。 于是在受刑五年之后 ， 比尔得到释放 ， 并且再一次为地球联邦而战 。
兰斯已经死了 ， 于是联盟给他安排了新的搭档露西娅 。
在闯入“红隼”基地之后 ， 比尔惊讶地发现最终BOSS竟然是自己的老伙计：兰斯 。 失去主角光环的兰斯最终还是被打败了 ， 在死之前 ， 他将一切真相告诉了比尔 。
原来五年前的毁灭性事故 ， 根本就是地球联邦总部的阴谋 。 最初是为了测试“莫伊莱的遗物”的威力 ， 但没想到威力如此之大 ， 直接杀死了80%的人类 ， 最后让比尔背锅 。
当时就被兰斯发现了 ， 联邦为了保密直接将其灭口 。 为了保留生机 ， 兰斯选择和天王鬼的基因融合 ， 成功活了下来 ， 而他也失去了人类的身份 。
兰斯为了报仇同时也为了让真相大白 ， 于是组建了“血隼”来对抗地球联邦的最高首领：“三个远古人”
真相：原来当年人类在木星轨道上发现了神殿 ， 这是神秘种族“莫伊莱”曾经创造的文明 。
多年前“莫伊莱”选择了更加适合生存的星球 。 离开之前 ， 他们在神殿中留下了代表“莫伊莱文明”的遗物 。
“莫伊莱”：
在“三个远古人”的授意之下 ， 地球联盟在木星轨道拿回了“莫伊莱”其中一个遗物 ， 从而触发了红隼防御机制 。 在人类离开木星轨道不久之后 ， 外星人则降落到加鲁加群岛 ， 企图追回被盗走的遗物 。
这就是《魂斗罗1》《魂斗罗2》《魂斗罗3》《魂斗罗4》中的剧情 ， 它们不是入侵 ， 仅仅是为了寻回失落的文明 。
“莫伊莱遗物”最终落到了三位执政者 ， 也就是“远古人”手上 。 他们独占地球资源很多年 ， 通过高科技存活了上千年 ， 拥有远超一般人的智慧 。
三位远古人：
分别是：
Nero
Gaius
Commodus
三位远古人虽然已经是地球最顶尖的智力 ， 但经过多年的分析 ， 只发现了一下皮毛 ， 无法掌握“遗物”的核心技术 。 一旦掌握即为“神明” 。
在比尔攻入联邦总部之前 ， 三位远古人意外地破解了遗物的核心 ， 并成功对其进行数据分析 ， 并在很短的时间内得到了神秘力量 。
然而让人意想不到的是 ， 这个遗物竟然是某个维度的生命体 ， 它所蕴含的力量并不是人类可以承受的 ， 即使是远古智者也无法驾驭 。
遗物觉醒之后 ， 强行和远古人合并 ， 将他们的智力全部吞噬 ， 成为了游戏的最终BOSS 。
遗物 ， 进化而成的“莫伊莱”本体：
在打败“莫伊莱遗物”之后 ， 世界再次恢复了和平 。
未来的《魂斗罗》还会发生各种战争 ， 但是外星人将不再参战 。 毕竟属于它们的时代已经过去了 。
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