这一方案描述了一个简单的宏基因组工作流程 ， 可用于鉴定DNA和RNA病毒 。 该方法已被应用于人类临床样本 ， 以表征目前被称为猴痘病毒的病原体 。
早筛网讯：Oxford Nanopore发布了一个用于DNA和RNA病毒宏基因组表征的方案1 。 如PCR等鉴定病毒的标准方法依赖于寻找特定的病原体 ， 而宏基因组方法对样本中的所有遗传物质进行测序 ， 因此提供了以无偏见或“无假设”的方式鉴定潜在病原体的能力 。 该方案是由盖伊和圣托马斯医院领导的团队在Oxford Nanopore的支持下开发的 。
该方法可用于常规的鼻咽拭子和支气管肺泡灌洗液样本 ， 并已成功用于在皮损拭子样本中对目前被称为猴痘病毒的病原体进行测序 ， 可用于分析多种样本类型 。 该方法附带一个EPI2ME实验室2分析流程 ， 为主导该疫情监测的团队提供支持 。
SSRN3的一份文稿中也描述了该方案 。 作者概述了具有重大公共卫生影响的新病毒感染的出现可能很频繁 ， 因此需要全面的方法来进行常规监测 ， 以尽早发现罕见的、新生的或新出现的病原体 。 病毒宏基因组方法提供了这种能力 ， 并证明了“无假设”分析的价值 ， 这种分析可在响应广泛、新出现的公共卫生问题时迅速开发 。
如文稿中所述 ， 在病原体爆发之初缺乏靶向PCR检测往往导致病例确认的延误 ， 因为传统的异地实验室从首次接触患者到得出结果需要几天时间 ， 有时甚至需要多达五天 。 这个新的工作流程使用纳米孔测序 ， 从收到样本开始只需7个小时 ， 当天就能得到病毒鉴定结果 。 另外 ， 如文稿中所指出的 ， 这项工作的结果突出显示了如Oxford Nanopore等的测序技术的未来潜力 。 这些技术可在靶向检测能够被开发、验证和大规模部署之前 ， 用于协助快速病原体表征和公共卫生监测 。
Oxford Nanopore Technologies转化应用高级总监Justin O’Grady评论道：
【OxfordNanopore发布用于DNA和RNA病毒快速宏基因组表征的全新方案】“在新冠疫情大流行期间 ， Oxford Nanopore的设备在新冠病毒测序中的广泛应用极大地提高了全球传染病测序能力 。 之后 ， 第一批猴痘病毒的基因组是用纳米孔技术测序的 。 这一数据得到公开分享 ， 以便科学家们能够迅速开始了解这一新出现的疫情 。 ”
“盖伊和圣托马斯团队描述的这个方案非常重要 ， 因为它允许科学家们直接从人类临床样本中快速检测和鉴定未知的DNA和RNA病毒 。 这使得新生的和新出现的病毒病原体的早期表征和在公共卫生背景下的全面病毒监测成为可能 。
“让Oxford Nanopore感到自豪的是 ， 我们的技术在抗击病毒爆发方面产生了如此积极的影响 ， 这不仅包括新冠病毒和猴痘病毒 ， 还涉及近年来的埃博拉病毒和寨卡病毒 。 ”注
01
通过纳米孔社区（Nanopore Community）获取该方案：
https://community.nanoporetech.com/posts/viral-metagenomics-protoco
02
获取EPI2ME实验室分析流程：https://labs.epi2me.io/basic-monkeypox-workflow/ 03
预售活完整的SSRN文献DOI：
http://dx.doi.org/10.2139/ssrn.4132526
7月14日 ， Oxford Nanopore将举办“前沿研究：利用纳米孔测序进行快速病原体基因组监测”的网络研讨会 ， 请持续关注
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