（三）上位法抗辩
对于41号公告生效后发生的合伙企业股转交易或合伙架构拆除 ， 适用核定征收的 ， 可以从上位法层面寻找核定征收的合法性支撑 。 《税收征收管理法》对核定征收的条件作出了明确规定 ， 其中“应当设置账簿但未设置” ， 以及“账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全 ， 难以查账”均是核定征收的法定事由 ， 对于权益性投资合伙企业来说也当然可能存在这些核定征收的情形 。 事实上 ， 早在2012年 ， 国家税务总局已经发布《关于企业所得税核定征收有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第27号） ， 要求专门从事股权（股票）投资业务的企业 ， 不得核定征收企业所得税 ， 但未就权益性投资合伙企业纳税方式作出例外规定 。 自2012年至今 ， 《合伙企业法》并未修订 ， 《会计法》等其他相关法律法规也未就合伙企业建账问题作出调整 ， 然而41号公告却凭空出台 ， 要求权益性投资合伙企业必须查账征税 ， 欠缺上位法的依据和支持 。 涉案企业可以从法律位阶角度出发 ， 对41号公告是否符合上位法提出规范性文件审查 。
（四）责任分割抗辩
前已述及 ， 在合伙企业已经注销的案例中 ， 部分案例税务机关向合伙人追征了往期交易的增值税 。 此外 ， 对于合伙企业解散环节股票分配给合伙人的交易 ， 也有部分税务机关要求合伙人补缴合伙企业应承担的增值税 。 事实上 ， 无论是往期交易还是解散分配 ， 增值税的纳税义务人始终是合伙企业 ， 而非合伙人 。 税务机关的穿透追征 ， 主要法律依据系《公司法司法解释》（二） ， 但该规则的适用有严格条件限制 ， 必须是“未经依法清算 ， 以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记” 。 如果清算组依法开展清算工作 ， 据实提供清算报告 ， 系因公权力机关责任未及时向合伙企业追征增值税 ， 则这部分税款不应由合伙人承担 。
（五）重复征税抗辩
【多层嵌套合伙投资架构拆除面临的三大涉税风险及五大应对建议】现实中 ， 合伙人可能通过转让合伙份额或者解散合伙企业的方式 ， 实现投资退出 ， 如果采用转让份额方式退出 ， 还可能存在重复征税问题 。 合伙企业作为所得税虚体 ， 其取得的生产经营所得 ， 均由合伙人承担所得税纳税义务 。 根据财税〔2000〕91号 ， 个人合伙人的个人所得税按月或按季预缴、每年汇算清缴 。 也就是说 ， 合伙企业生产经营过程中取得的全部所得在每年度已经缴纳过所得税 。 如果合伙企业采用解散方式实现架构拆除 ， 根据财税〔2000〕91号 ， 在企业清算时 ， 应当以企业全部资产或财产的公允价值扣除各项清算费用、损失、负债、以前年度留存的利润后 ， 超过实缴资本的部分 ， 作为清算所得 。 即此种情形下 ， 允许扣除“以前年度留存的利润” ， 换言之 ， 即便往年利润没有实际分配给合伙人 ， 因其均为“先分后税”规则下的完税利润 ， 在清算时必须作为计税依据的扣除项 ， 否则将出现税基重复 。 但是如果合伙人采用转让合伙份额方式退场 ， 因合伙份额的定价会考虑往年未分配利润 ， 即未分配利润已经等额计入转让收入中 ， 但合伙人的扣除项目仅有取得合伙份额的成本 ， 也即实缴资本 ， 这就导致相当于未分配利润的所得在合伙份额转让时被重复征税 。 转让方可从经济实质角度 ， 就重复征税提出抗辩 。
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