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如果科学家对自己领域的推理结构感兴趣 ， 他们最终可能会从事哲学研究 。 推理 ， 即推理及其规则 ， 是科学哲学中的经典课题 。 最佳解释的归纳、演绎和推理是基本的、众所周知的推理类型 ， 但在科学实践中 ， 它们相乘、组合并以不同的方式发挥作用 ， 产生有趣的概念和哲学问题 。 斯蒂芬·杰·古尔德是一位多产的作家 。 他最喜欢的目标之一是进化生物学家采用的一些推理模式 。 其他生物学家 ， 提出了基于不同理由修改适应论推论的先进建议 。 古尔德的竞选活动可以被看作是他是一位古生物学家的表现 ， 他对推理模式非常感兴趣 ， 并且对进化的看法直接受到达尔文的作品的启发 。 适应论在于通过声称它们是适应来解释生物现象 。 威尼斯圣马可大教堂的比喻来论证即使是利用基本功能的结构尽管如此 ， 最初还是可以作为整个架构的结构副产品 。
他们想批评他们的同事习惯于容忍对适应性假设的懒惰测试 ， 这种测试“仅包含观察到的行为或形式与一组假定的适应性压力和约束之间的良好定性拟合” 。 正如古尔德在之后所阐述的那样 ， 结构和功能之间没有一对一的严格对应 ， 而是冗余 。 功能分布在有机体的多个部分中 ， 相反 ， 我们可以称之为特征或结构的任何部分都涉及有机体生命中的多种机制、功能和过程 。 在评估结构内部约束和选定功能之间的权衡时 ， 古尔德看到了查尔斯达尔文最初对“发明”的关注的复兴 。 适应性解释很少是足够的 。 在任何情况下 ， 它们都需要可测试和测试 。 自 1982 年以来 ， 提出并推广了新词“exaptation” ， 以解决他认为不同于适应的两种进化机制 ， 但仍涉及自然选择和主要功能：具有先前不同目的的结构的功能转变 ， 达尔文已经确定了一个过程；以及对起源非适应性特征的功能协调 ， 例如 ， 由于发育限制或随机插入引起的副作用 。
古尔德关于适应主义和生物学推断的其他方面的想法引发了一系列哲学反思 ， 例如关于适应的多重含义：我们可能指的是某种确保或增加适应性的东西 ， 或者似乎是为在特定环境中的表现而设计的东西 ， 在一系列环境中 ， 或用于特定功能 。 我们可能想要一些正被积极选择的东西 ， 或者过去由于自然选择而存在的东西 。 有哲学家的生物学家 ， 或有哲学思想的生物学家 ， 对适应主义的反思常常在某种意义上对古尔德的学派做出反应 。 一些学者详细阐述了改编的可疑本体论和工具性质 ， 而许多其他人则将挑战解释为使适应主义假设可检验的必要性 。
但他也指出 ， 对相同数据的矛盾“选择与约束”和“外部主义与内部主义”解释的扩散 。 对奥尔森来说 ， 这些矛盾是由于古尔德对“约束”的定义含糊不清 ， 以及缺乏探索未观察到的形式的可及性的实验技术 。 但今天的胚胎学、操作性和比较经验策略允许对自然界中未观察到的形态进行实验探索 。 通过结合这些技术 ， 生物学家可以将“内在主义”和“外在主义”从先验立场转变为个案的、可检验的假设 。 此外 ， 选择和约束更恰当地被视为互补而不是相互对比 ， 因此 ， 对于奥尔森来说 ， 一场发展中的“适应主义复兴”正在进行中 。
【科学家对于生物学现象的看待】按照惯例 ， 生物学家提出的哲学问题已经被哲学家们接受和进一步阐述 。 在讨论关于适应主义的哲学文献时 ， 区分了适应主义、反适应主义和温和立场可以采取的三个不同问题 。 经验问题是自然选择是否是自然界中一种强大而无处不在的力量 ， 几乎没有来自生物变异的限制 ， 也没有可比的竞争因果因素 。 解释性的问题是生物学中最重要的问题是否与生物体和环境的适应有关 ， 因为自然选择是解决这些大问题的唯一答案 。
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