但对于动物来说 ， 如果回交技术应用不当 ， 将会给它们带来痛苦 。 比如：加拿大无毛猫就是通过回交方式育种而来 ， 但是该猫在野生环境下无法生存 ， 只能被人类当做宠物饲养 。 而且该猫患有多种遗传疾病 ， 幸好后来经过爱猫人士对其进行基因改良之后 ， 再次繁育而来 ， 才使得现如今的无毛猫患有遗传疾病的可能性降低 。
在动物育种中 ， 育种师们也会考虑到回交带来的负面影响 ， 不过育种师在通过回交培育新品种时 ， 会注意到它们的身体状况 ， 如果出现严重的遗传性疾病 ， 那么该个体就会被淘汰 。 这是因为牲畜育种成功后 ， 会被农场主大规模饲养 ， 如果带有遗传疾病 ， 将会给农场主带来大量损失 ， 因此该品种是失败的 ， 还未大量推广时就会被育种师所淘汰 。
只有那些相对健康的 ， 具有优良性状的个体才会被挑选出来 ， 然后大规模繁殖 。 也就是说 ， 有了育种师的把关 ， 回交的弊端能够有效避免 。
不过 ， 现如今育种手段有非常多的方式 ， 回交只是其中一种 ， 随着科学的发展 ， 还会有越来越多的育种方式出现 ， 给动物带来的负面影响也会越来越少 。
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