第六 ， 线粒体的遗传密码与变形菌门细菌的遗传密码更为相似 ， 被认为线粒体来自于α-变形菌（α-Protobacteria） 。
第七 ， 现存生命有机体中依然存在类似共生现象 ， 例如草履虫吞噬蓝藻形成共生体 。
内共生起源也存在一些无法解释的问题 。 被吞噬的好氧细菌拥有氧化代谢途径 ， 显然在生存竞争中 ， 这项能力令其比吞噬它的宿主具有更大优势 。 那为什么这种好氧细菌反而处在下方 ， 既被吞噬作为寄主 ， 还把自己的遗传物质转移到了宿主细胞中 ， 这不符合进化规律 。 此外 ， 内共生起源假说不能解释细胞核这个细胞的控制中心是如何起源的 。
非共生起源假说
内共生起源的假说出现后 ， 支持非共生起源假说的反对派也随之出现了 。 非共生假说猜想 ， 真核细胞来源于一种好氧细菌 ， 这种细菌在进化过程中 ， 某些具有呼吸作用的细胞膜逐步内陷 ， 包裹住部分遗传物质 ， 形成了既有独立遗传物质又有呼吸功能和膜结构的线粒体 。
非共生起源假说也有一些证据 。 例如 ， 现在某些原始好氧细菌中具有拟线粒体结构 ， 这种结构便是由细胞质膜内陷折叠形成 ， 具有呼吸功能；原核细胞中具有呼吸功能的结构可以看成如今线粒体的雏形 ， 因此推测线粒体是进化而来而不是吞噬共生而成；真核细胞核膜和线粒体膜具有连续性 ， 说明线粒体可能起源于细胞自身内膜系统的内陷 ， 而不是来自于共生细菌 。
内共生起源假说中的争论
尽管内共生起源假说有一些无法解释的问题 ， 但相较于非内共生起源 ， 该假说提供了更多的证据 ， 因此它成为线粒体起源的最主流学说 。
在内共生起源假说之中 ， 根据线粒体内共生发生的时间不同 ， 产生了两个流派 。
一派提出的假说叫晚期线粒体模型（“Mito-late” models） ， 他们认为宿主 吞噬好氧的α-变形菌（如今已有很多证据证明线粒体是由它演化而来）前 ， 已先通过不同途径形成了细胞核 ， 已具有真核细胞的特征（已有细胞核、动态细胞骨架、内膜系统） ， 具有原始吞噬功能 。 也就是说 ， 线粒体祖先（α-变形菌）进入宿主（原始真核细胞）的时间是较晚的 。
另一派提出的假说叫早期线粒体模型（“Mito-early” models） ， 他们认为宿主（原核细胞）先与好氧的α-变形菌内共生形成了带有线粒体的原核细胞 ， 在拥有这个动力工厂后 ， 再演化出了细胞核、内膜系统等真核生物特征 。
这两派的争论点集中在线粒体祖先（α-变形菌）进入宿主的时间点上 ， 为什么这个时间点这么重要？
因为这个进入真核细胞祖先的线粒体祖先 ， 到底是怎么进入的 ， 是一个极重要的讨论点 。 有些科学家认为是通过吞噬作用进入 ， 另一些科学家则认为是细胞拥有了线粒体后 ， 细胞才有了吞噬作用 。 于是 ， 问题又转到吞噬作用上了 。
吞噬作用是某些细胞以变形运动方式吞食微生物或细小物体的作用 。 这看似很简单的过程 ， 其实需要大量能量 ， 还需要细胞有动态的细胞骨架和膜运输能力 。
如果细胞吞噬细菌需要大量能量 ， 要是没有线粒体这个能量工厂为其供能 ， 它根本无法将线粒体的祖先吞噬 。 可是 ， 这时线粒体祖先还没被吞噬 ， 线粒体又如何成为细胞的能量工厂？如此一来 ， 就像进入了一个时间漩涡 ， 到底先有鸡还是先有蛋？即到底先有线粒体 ， 还是先有吞噬作用？
若是先有吞噬作用 ， 那真核细胞的祖先在吞噬线粒体的祖先时 ， 便已经进化到一定程度了 ， 线粒体的到来不过是在真核细胞的进化上锦上添花而已 ， 这就是晚期线粒体假说 。 但是 ， 如果是先有线粒体 ， 线粒体为真核细胞祖先提供大量能量 ， 因为有这个能量工厂 ， 真核细胞祖先被它推动进化 ， 形成了之后的真核细胞 ， 那线粒体对真核细胞的进化则是雪中送炭 ， 这就是早期线粒体假说 。
线粒体内共生的早期、晚期模型之争 ， 至今并无定论 ， 两个学派各有证据 ， 提出不少假说 。
例如 ， 1998年比尔·马丁（Bill Martin）和米克洛什·米勒（Miklos Muller）[1
提出了“氢假说（Hydrogen Hypothesis）”——一个需氢产甲烷的古细菌作为宿主与一个产氢的α-变形菌融合 ， 二者互相依赖形成稳定共生关系 。 这个模型说明线粒体祖先内共生后 ， 因拥有产生大量能量的线粒体 ， 触发了真核生物的发生 ， 表明先有线粒体才有真核细胞与吞噬作用 。 这个假说是最有名的早期线粒体模型 。 但是 ， 对该假说提出质疑的科学家认为 ， 该模型中产生甲烷的过程非常复杂 ， 需要大量辅酶 ， 而在如今的真核生物中并没有发现这些辅酶 。
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