第二年秋天 ， 哥白尼再度担任俄尔斯丁教产总管 。 这时十字骑士团已经侵占了附近的许多城堡 ， 直逼俄尔斯丁 。 哥白尼把由他保管的钱财全部拿出来支援作战 ， 并亲自部署防务 ， 登城督战 。 十字骑士团用燃烧弹攻城 ， 哥白尼叫人用浸湿的皮子去捂灭敌人的燃烧弹 。 经过五天五夜的激烈战斗 ， 城市依然屹立着 。 十字骑士团大公霍亨仑恼羞成怒 ， 特地派人到弗隆堡去 ， 把他的藏书、手稿和仪器一把火烧光 。 但哥白尼始终坚守城堡 ， 霍亨仑无可奈何 ， 只好撤军 ， 同意休战 。 战后 ， 波兰国王齐格蒙特论功行赏 ， 委派哥白尼为俄尔斯丁的行政长官 。
1525年秋天 ， 哥白尼写作《运行》的工作 ， 才在弗隆堡全力展开 。 这时 ， 哥白尼的箭楼上来了一个女管家 ， 名叫安娜 。 安娜出身名门 ， 性情娴淑 ， 衷心爱慕哥白尼 ， 毅然抛弃世俗的成见和被教会剥夺了结婚权利的哥白尼同居 。 哥白尼在安娜的帮助和照顾下 ， 书桌上的手稿迅速地一叠叠地增加起来了 。
《运行》的第一卷 ， 鸟瞰式地介绍了宇宙的结构 。 在论证的开始 ， 哥白尼列举了许多观测资料来证明地球是圆形的 。 接着他指出了地球呈圆状的理由 。 他说：“所有的物体都倾向于将自己凝聚成为这种球状 ， 正如同一滴水或一滴其他的流体一样 ， 总是极力将自己形成一个独立的整体 。 ”“物体呈球状的原因在于它的重量 ， 即在于物体的微粒或者说原子的一种自然倾向 ， 要把自己凝聚成一个整体 ， 并收缩成球状 。 ”他对这个问题的解答 ， 给一百多年以后牛顿发现万有引力开辟了道路 。
原子
关于原子他还写了这样一段：“所谓原子 ， 是最细微的、不能再分割的微粒 ， 它们重叠地或是成倍地相聚在一起 ， 但由于它们看不见 ， 并不立即形成看得见的物体；可是它们的数量可以增加到这种程度 ， 足够累积到可以看见的大小 。 ”这一段话是针对唯心主义者的论调而说的 ， 他们借口“原子无法看见”而抹煞原子的存在 。 在唯心主义者的唆使下 ， 这一段话在《运行》出版时被删去了；在以后300年间的三种版本里都不见一个字 。
《运行》的第二卷介绍了有关的数学原理 ， 其中平面三角和球面三角的演算方法都是哥白尼首创的 。 这里陈述了三角形的规则 ， 即从三角形的已知某些边和角去推算其他边和角的规则 。 这包括了三边是直线的平面三角形和三边是球面上圆弧作成的球面三角形 。
第三卷是恒星表 。 第四卷介绍地球的绕轴运行和周年运行 。
第五卷论述了地球的卫星——月球 。 哥白尼非常重视研究月球 ， 特别是月食 。 他认为在月食的时候 ， 人们可以从月球、地球和太阳的相对位置 ， 得到关于宇宙的真实结构的暗示 。 “因为 ， 当宇宙别的部分都是澄明的和充满日光的时候 ， 所谓黑夜就不是什么别的东西 ， 而只是地球本身的阴影 。 这个阴影形成一个圆椎形 ， 尾端尖削 。 月亮一接触到这个阴影 ， 就会失去光泽 ， 而当它出现在阴影正中央时 ， 它的位置正好和太阳相对 。 ”
他的最后一卷准备写关于行星运行的理论 。
《运行》的不朽的贡献 ， 在于它根据相对运动的原理 ， 解释了行星运行的视运动 。 在哥白尼以前 ， 这一原理从来没有被人这样详尽地阐述过 ， 也没有人从这一原理得出过这样重要的结论 。
尼古拉·哥白尼?
哥白尼对这个问题是这样说：“所有被我们观测的物体的位置变动 ， 不是由于被观测的物体的运动所引起 ， 就是由于观测者的运动 ， 或由于物体和人的不一致的变动所引起的 。 ”既然地球是我们在它的移动中进行观测的基地 ， 那么我们观测到的天空中的运动 ， 例如太阳的运动 ， 就可能是一种表面的运动 ， 是一种由于地球本身的运动所引起的幻觉 ， 而其他天体的运动 ， 就可能是那个天体以及地球的不一致的运动所引起的结果 。 因此 ， “如果承认‘地球从西向东地自转’ ， 那么显然会觉得好像是太阳、月亮、和星辰在升起和降落 。 ”
“事情正是像维吉里乌斯所阐明的 ， ”哥白尼写道 ， “他让伊尼斯说：‘我们驶出港埠 ， 而陆地和城市却在后退’ 。 因为船只驶过风平浪静的海面时 ， 所有外界的东西 ， 在船上的人看来 ， 正好像它们在按照船只的运动移动着 ， 只是方向相反——他们觉得 ， 他们自己和身边的东西都留在原处 。 这同一情况毫无疑问可能出现在地球运动的现象中 ， 并引起整个宇宙都在旋转的印象 。 ”
