人类基因组计划|人类基因组计划20年


人类基因组计划|人类基因组计划20年
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编者按
20年前 , 我们对基因的了解还很有限 , 以至于当人类基因组草图公布的时候 , 引起了全球的瞩目 , 从电视到报纸 , 媒体在连篇累牍地报道该事件 。 20年之后的今天 , 我们不再满足于发现新的基因 , 而是编辑或改写基因 , 了解人的生老病死 , 改良作物品种 , 我们甚至还创造出了此前从未出现过的基因 。 从某种程度上来讲 , 我们在扮演造物主的角色 。
本文就带你回顾当年激动人心的人类基因组计划 , 它是如何从一个雄心勃勃的开端 , 走到踌躇不前、困难重重的中间 , 最后还是取得了一个皆大欢喜的结果 。 下一个20年 , 我们能对基因做些什么 , 会有哪些惊喜的发现?
撰文 | 计永胜
责编 | 叶水送
2021年2月 , 《科学》(2月5日)和《自然》(2月11日)杂志出版人类基因组计划专刊 , 以纪念人类基因组草图发表20周年 。
【人类基因组计划|人类基因组计划20年】
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1953年 , 克里克和沃森发现DNA的双螺旋结构;1977年 , 沃特·吉尔伯特(Walter Gilbert)和弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)发明了DNA测序的方法 。

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基因组学研究里程碑事件 , 图片来自lehigh.edu
随后 , 包括EBV病毒在内的一些简单生物的DNA序列被测序成功 。 虽然有一些科学家建议对人类基因组进行测序 , 但面对人类基因组30亿碱基对的庞大规模 , 持续性的研究经费成为摆在研究人员面前的难题 。
 

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1986年3月 , 美国能源部(DOE)在新墨西哥州的圣塔菲(Santa Fe)召开会议 , 讨论人类基因组测序计划 。 诺贝尔生理或医学奖获得者罗纳托·杜尔贝科 (Renato Dulbecco)在《科学》杂志发表文章指出 , 对人类基因组的测序将成为肿瘤研究的关键转折点 。
同年6月 , 加州理工学院莱诺·伊·胡德(Leroy E. Hood , 1987年的拉斯克医学奖获得者)和劳埃德·史密斯(Lloyd Smith)改进了程序繁琐的Sanger测序法 , 发明了世界上第一台DNA自动测序仪 。
可以说 , 不管是从现实需要还是技术支持 , 对人类基因组进行测序的时机已经相对成熟 。
 
1990年4月 , 美国国立卫生研究院(NIH)和能源部共同发布人类基因组5年计划 , 该计划包括人类及模式生物基因组的测序和图谱绘制、数据收集和分析支持(算法改进、软件设计开发等)、技术研发和转让等 。
 
同年8月 , NIH开始对四种模式生物进行基因组大规模测序 , 包括山羊支原体(Mycoplasma capricolum)、大肠杆菌(Escherichia coli)、秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)和酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) 。 两个月后 , NIH和能源部“对了对时钟” , 正式宣布10月1日为“人类基因组计划”官方正式起始时间 。
 
自此 , 先后由美国、英国、法国、德国、日本和我国科学家共同参与、被誉为生命科学“登月计划”的“人类基因组计划”正式踏上征程 , 这一走就是将近13年 。
 
当然 , 这期间也出现一些“插曲” , 例如生物学家、“科学狂人”克雷格·文特尔(John Craig Venter)因为与“人类基因组计划”团队在基因组测序数据分享政策方面存在分歧 , 一气之下离开了NIH , 并于1998年5月成立赛莱拉(Celera)生物技术公司 , 宣称将在3年内完成人类基因组测序工作 。 于是NIH不得不提高效率 , 加快进度 , 以免被文特尔抢先 。 实际上 , 这种“竞争”也推动了“人类基因组计划”更加快捷地进行 。

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最终的结果还是皆大欢喜的(注:在很多人看来 , 赛莱拉赢得了这场竞赛) , 国际人类基因组测序联盟和赛莱拉生物技术公司分别于2001年2月15日和2001年2月16日在《自然》和《科学》杂志发表人类基因组草图 。

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克林顿宣布人类基因草图完成 , 图片来自heterodoxology.com
“人类基因组计划”最终完成是在2003年4月 , 宣告“后基因组时代”到来 。 那么 , “人类基因组计划”对当今科学研究有哪些影响?
 
美国西北大学网络科学研究所亚历山大·盖茨(Alexander J. Gates)等人在2月11日《自然》杂志撰文指出 , “人类基因组计划”大大提升了我们对基因及其调控元件的认识 , 并协助研究人员确定众多药物的靶点[1] 。
 
“人类基因组计划”最显著的特点就是数据量庞大 , 项目实施的13年中 , 得到“注释”的基因数量迅猛增加 。 自2001年开始 , 每年关于蛋白编码基因的学术论文数量在10000到20000篇 , 只要集中在CD4TP53TNFEGFR等明星基因上 。 这都得益于“人类基因组计划”将数据获取方式由“单钩钓鱼”改为“细网捞鱼” 。

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近30年 , 数个人类“明星基因”论文发表趋势 , 从图中可看到HPG计划成功后 , 论文发表数量猛增
“人类基因组计划”还进一步确定了基因组中非编码序列的生物重要性 。 这些序列的改变不会影响蛋白的序列 , 但会干扰蛋白表达的网络 , 进而影响生物学功能 。

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2000年之后 , 科学家对基因非编码区域的了解兴趣一直未减
在2001年之前 , 明确某种药物全部蛋白靶点的概率不到50% 。 “人类基因组计划”完成后 , 美国每年通过的药物几乎都有清楚的作用靶点说明 。

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“人类基因组计划”不仅促进了生物学和生物医学的发展 , 而且积极深化了多学科合作的“大科学”融合 。
 
自本世纪初 , 信息科学和计算机科学的发展更加迅速 , “人类基因组计划”就是遗传学、生物化学、分子生物学和信息科学深度合作的成功案例 , 此后各类“组学”出现 , 共同构建生命科学的“大数据”时代 。
 
与此同时 , 随着计算机算法的不断更新迭代、测序成本的逐渐降低 , 个人基因组学正在走进人们的日常生活 。 基因组测序的大众化更有助于我们了解人类自身遗传的多样性 , 最终服务医学发展 , 保障人类健康 。
 
20年后 , 当我们回顾人类基因组计划时 , 人类已不再满足发现基因 , 而是修饰基因、编辑基因 , 甚至是创造一个此前从未出现过的基因 。 下一个20年 , 我们还能对这些人类基本的遗传单元做些什么呢?至少我们已感受到了当下基因治疗正如日中天地发展着 , 我们正在收获“人类基因组计划”当年播撒的果实 。

 作者简介 
计永胜 , 中国科学技术大学生命科学与医学部青年讲师 , 曾担任安徽医科大学副教授 , 威斯康星医学院癌症中心做博士后 。

参考资料
Alexander J. Gates, Deisy Morselli Gysi,Manolis KellisAlbert-László Barabási.A wealth of discovery built on the HumanGenome Project — by the numbers. Nature 590, 212-215 (2021). doi:https://doi.org/10.1038/d41586-021-00314-6
制版编辑 | Morgan
来源:赛先生
_原题_:人类基因组计划20年后 , 我们开始觊觎“上帝”的角色

编辑:前进四

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