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群体|单细胞测序数据挖掘与课题设计培训班

应用 消息资讯 领域 技术 进行 分析 研究 思路 语言 群体 细胞 生物学 课题 基因组 单细胞 富集 异质性 R语言

各企事业单位、高等院校及科研院所：
近年来 ， 单细胞测序研究空前火热 ， 重磅研究成果频出 ， 越来越多的科研工作者开始使用单细胞测序这一基因表达研究利器 。 单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行的研究 。 通过全基因组或转录组扩增 ， 进行高通量测序 ， 能够揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态 ， 反映细胞间的异质性 。相比于群体细胞测序 ， 更适用于解决少量特殊样本的研究、异质性群体的分析及同时或互斥发生的基因组变化的查找等问题 。 单细胞测序技术在肿瘤、发育生物学、微生物学、神经科学等领域有重要应用 ， 是现今生命科学研究的焦点 。
一、实战目标：
1.了解单细胞测序基本概念及原理
2.了解单细胞测序分析的数据分析及研究思路
3.学会R语言基本语法和绘图技巧,并用R代码进行单细胞转录组分析
4.掌握和利用单细胞测序技术进行具体工作的开展等
二、专家老师：
高级生物信息工程师 ， 长期从事分子生物学专业研究 ， 擅长生物信息数据分析 ， 包括基因组组装 ， 变异检测分析 ， 单细胞测序 ， 宏基因测序 ， 精通linux系统 ， R语言 ， python语言等 。
三、课程体系
1、单细胞测序技术与应用
【群体|单细胞测序数据挖掘与课题设计培训班】（1）单细胞组学技术发展历程和原理介绍 。（2）单细胞测序技术在科研领域的应用 。（3）近年单细胞技术CNS文章思路解析 。
（4）单细胞文章常见图表解读 。（5）单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及在植物等领域的研究内容及思路 。
2、Linux及R语言入门与实操
（1）常规基础Linux命令入门讲解及实操训练 。 （2）R语言简介及安装 ， RStudio的安装及使用说明 。 （3）R语言语法介绍及常用命令 。
（4）数据处理功能及统计应用 。 （5）R语言画图实操：tSNE ， 小提琴图 ， 热图 ， 网络图 ， GO、KEGG富集图 ， GSEA等图形绘制 。
3、单细胞转录组数据分析思路及流程
（1） 单细胞高分文章分析思路解析（细胞类群确定、拟时间分析、差异表达、通路富集、转录因子、配体受体互作等） 。
（2）单细胞转录组比对、定量、分群及拟时间分析等软件及参数 。（3）单细胞转录组转录因子、功能通路及配体受体互作思路解析 。
（4）单细胞组学分析常用数据库介绍及使用 。（5）基因富集分析和可视化 。
4、单细胞数据可视化、细胞分型及marker鉴定
（1）10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操 。 （2）从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操 。
（3）通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维 。（ 4）单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析 。（5）通过Seurat及GSVA等进行单细胞转录组差异分析 。

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