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太秀了！这个10分+外显子生信套路，教你平平无奇中弯道超车


领略高端套路 ， 发表高分文章！

小伙伴们大家好 ， 我是菠小萝 。 这里是菠小萝的高分生信SCI解读专栏 。 今天带给大家的是一篇全外显子测序的生信分析套路 ， 于2021年1月发表在《Clin Cancer Res》上 ， 题目是“Whole Exome Sequencing in Penile Squamous Cell Carcinoma Uncovers Novel Prognostic Categorization and Drug Targets with Similarity to Head and Neck Squamous Cell Carcinoma” 。 感谢作者提供了很好的学习典范！

期刊简介

太秀了！这个10分+外显子生信套路，教你平平无奇中弯道超车
本文插图



“挑圈联靠”题目要素拆解
疾病：Head and Neck Squamous Cell Carcinoma；
目的基因：未涉及；
数据来源：全外显子测序；
机制：未涉及；
研究目的（文章类型）：新型预后分类和药物靶点类型文章 。
知识背景
本篇范文研究了一个较为罕见的癌种——阴茎鳞状细胞癌(PSCC)在美国每年约有2000例新发病例和400例死亡 。 而在全世界发展中国家 ， PSCC的发病率明显较高 。 这个癌种也涉及到了人类乳头瘤病毒(HPV) ， 为全球约30-50% PSCC病例的病因 。 目前对局部晚期PSCC病的治疗方法是以铂类为基础的化疗 ， 辅以手术巩固 。 但大多数患者会出现疾病进展或复发 。 一线化疗后复发的PSCC生存率较差 ， mOS大约为5个月 ， 治疗方案非常有限 。 因此 ， 确定与PSCC复发、进展相关的分子靶点和潜在的药物开发非常重要 。 目前关于PSCC基因组景观受到小样本量 ， 有限的HPV阳性病例以及异质分子检测方法等诸多限制 ， 无法提供很好的证据 。 先前的研究发现这种罕见的癌的两种不同途径 ， 一种是与人乳头状瘤病毒相关的 ， 另一种是不与其相关的 。 此外 ， 在复发性PSCC中中只有少数如Tp53、CDKN2A和PIK3C已知的肿瘤抑制基因的点突变被报道 。 作者由此出发 ， 通过生信挖掘对其生物学进行更深入的了解 。 并且通过查阅相关研究报道得知 ， 其他研究已经发现了来自不同解剖部位的鳞状细胞癌之间分子趋同的有力证据 ， 但是这还没有在PSCC进行探索 。 由此 ， 在这项研究中作者进行了迄今为止最大的相关全基因组分析 ， 以探索这种罕见癌症的遗传学 。
数据来源 & 思路框架
作者在这项研究中选择了从德克萨斯大学医学博士安德森癌症中心(UT MDACC)组织库中前瞻性收集的34对PSCC和匹配的正常阴茎组织样本作为PSCC队列 。 并且其中大多数肿瘤是在接受化疗(9/10)之前收集的 。 然后就是免疫组化评估HPV状态 。 接下来 ， 作者对PSCC全外显子组进行分析 ， 通过评估每条染色体中的事件间距离来评估超突变基因组区域 。 基因组区域显示6个或更多连续事件 ， 平均突变间距离为1000个碱基对 ， 被认为是超突变 。 作者还评估了10种致癌信号通路 ， 包括RTK/RAS通路；Wnt通路；Notch通路；Hippo通路；PI3K途径；细胞周期途径；Myc途径；TGF-β途径；p53途径；和Nrf2途径)在作者的PSCC样本中的表达 。 随后 ， 通过基因-药物互作数据库——DGIdb数据库中的数据来进行基因和药性的评估 。 这项研究确定了新的药物靶点 ， 以及PSCC和HNSC突变特征的相似性 ， 具有潜在的临床意义 。

对于阴茎鳞状细胞癌(PSCC)这种罕见的致命癌症 ， 寻找新的分子靶点用于改善患者预后的预测及确定新的治疗靶点都是非常有必要的 。 并且相对于常见的癌症来说 ， 这种小癌种研究的更少 ， 是生物信息学发挥专长的绝佳方向呀！且与大多数常规生信文章思路不同的是 ， 本篇范文目的在于评估PSCC和其他鳞状细胞肿瘤之间的相似性 ， 用生信探索小癌种 ， 去往常规癌症病理类型的大方向上靠 ， 真的可谓是一种非常不错的创新思路！因此 ， 这也是菠小萝为大家力荐这篇范文的原因呢~言归正传 ， 本篇范文中作者介绍了如何将PSCC与头颈部鳞状细胞癌(HNSC)相联系 ， 并在分子和组织学上探索相似性 ， 特别是涉及Notch途径 ， 这表明来自更大的HNSC患者群体的临床发展可能有助于加快向PSCC人群的转化 。 于是 ， 作者将PSCC与其他鳞状细胞相比较 ， 为PSCC具有预后意义的不同分子亚型在HNSC最为相似提供了新的证据 ， 并为研究PSCC的分子靶向策略提供了基础 ， 并表明在PSCC和HNSC使用分子特异性试验进行药物开发研究的潜力 。

数据精析
1
PSCC队列

首先 ， 作者对34个未经处理的原始PSCC标本和相应的匹配正常阴茎组织样本进行全外显子组测序 。 并描述了这些患者的基本信息及临床特征 。

2
PSCC的体细胞突变景观和丰富的突变模式

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