文章|又一篇！云序circle-seq助力环状DNA在食管鳞癌当中的研究

2021-12-16 样本分析文章研究基因 染色体 位点环状食管云序 eccDNA 食管鳞癌

文章导读
顶尖国际学术期刊《Nature》和《Cell》上相继发表了染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA ， eccDNA)促进肿瘤发生的报道使eccDNA成为了基因组学研究的“明星”分子。云序生物紧跟“潮流” ，是国内最早提供eccDNA测序服务并且唯一有10分以上文章发表的环状 DNA 测序（circle-seq）服务平台的公司。近期，云序客户连发两篇eccDNA文章，既包括多组学联合分析类文章（IF:15分！云序circle-seq助力10分以上环状DNA研究），又有单纯测序发表的文章（山东大学齐鲁医院田辉教授团队在Annals of TranslationalMedicine期刊上发表了eccDNA表达谱文章）。通过circle-seq等高通量测序技术，作者首次揭示了食管鳞癌中的eccDNA表达谱，并探究了eccDNA在食管鳞癌中的潜在机制，为食管鳞癌的临床诊断、治疗等提供了进一步的见解。仅通过测序数据分析，加上qPCR和Sanger测序验证，就可以在3-6个月内短、平、快发表文章！

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发表平台：Annals of Translational Medicine
发表日期：2021年9月9日
样本数量：癌组织 vs癌旁组织（3 vs 3）
研究方法: 环状 DNA 测序（circle-seq）、环状DNA Sanger测序
文章链接：Extrachromosomal circular DNAs are commonand functional in esophageal squamous cell carcinoma
技术路线

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研究背景
食管鳞癌是癌症相关死亡的主要原因。食道癌在癌症的发病率排名第七，在世界范围内癌症相关的死亡率第六。迄今为止，食管鳞癌高发病率和预后差的分子机制尚未完全阐明。虽然最近的研究已经证明了eccDNA在各种肿瘤中的存在，但迄今为止，还没有探究eccDNA在食管鳞癌中的分布和功能。最近，高通量测序表明，在母体和胎儿血浆中eccDNA的大小分布是不同的。此外，肺癌样本中发现的eccDNA比配对正常组织中的更长，并且肺癌手术切除后血浆中循环eccDNA数量减少。这些研究提示， eccDNA的分布可能与肿瘤细胞谱系和某些恶性肿瘤的形成有关。此外，通过对包括食管鳞癌在内的各种肿瘤类型的泛癌分析，数以万计的携带已知癌症驱动基因的eccDNA被识别出来，不过主要集中在肿瘤细胞系或组织样本上，缺乏食管鳞癌和配对正常食管上皮组织中eccDNA分布模式的比较。
研究内容
（1）食管鳞癌组织中的eccDNA分布
作者首先通过circle-seq高通量测序技术检测食管鳞癌和配对正常食管上皮组织中的eccDNA 。 eccDNA频率在每条染色体中基本相同，但Y染色体的eccDNA频率要低得多。编码基因数量与各染色体上eccDNA分布频率均无相关性。此外， eccDNA在基因组上的分布主要集中在5’UTR和3’UTR ，其次是基因上下2kb以及CpG岛上下2kb 。 eccDNA全长分布范围为33~968842 bp ， 95.0%(175363/184557)的eccDNA短于3000bp, 86.1%(158850/184557)短于2000 bp 。

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