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（6）eccDNA成环连接处的motif分析
为探讨eccDNA的产生机制 ， 对每个eccDNA起始和结束位置上游10 bp至下游10 bp的核苷酸组成进行了motif分析 。 有趣的是 ， 在起始位点和结束位点之间检测到重复的核苷酸模式 ， 这种核苷酸模式可能是导致eccDNA形成的原因 。
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总结：本文通过对食管鳞癌和配对正常组织进行eccDNA测序（circle-seq） ， 首次揭示了食管鳞癌的eccDNA表达谱 ， 阐明了癌症组和对照组中eccDNA的染色体、基因组以及长度分布情况 。 并对两组进行差异分析 ， 得到差异上下调的eccDNA ， 通过功能分析发现主要富集在癌症相关通路 ， 这些eccDNA可能是食管鳞癌的潜在生物标志物 ， 并参与食管鳞癌的发生和发展 。 最后通过qPCR和Sanger测序验证目标eccDNA 。 本研究为我们理解基因组可塑性、eccDNA在食管鳞癌中的作用提供了进一步的见解 ， 并可能有助于潜在的临床治疗发展 。
云序生物eccDNA测序
【文章|又一篇！云序circle-seq助力环状DNA在食管鳞癌当中的研究】云序生物是国内最早提供环状DNA测序服务的公司 ， 早在2018年已启动了环状DNA测序技术的开发 。 2019年 ， 云序率先发布了组织细胞环状 DNA 测序（circle-seq） ， 并成为A&A Bio独家代理（该品牌的环状 DNA 纯化柱被绝大部分环状DNA高分文章采用） 。 2020年 ， 云序又相继发布了血清血浆环状DNA测序及血清血浆环状DNA甲基化测序服务 ， 均为全国首发 ， 并成为国内环状DNA产品线最全的测序公司 。 迄今为止 ， 我们已经完成上千例样品的环状DNA测序 ， 积累了丰富的项目经验 ， 样品类型涵盖：组织﹑细胞﹑血清﹑血浆﹑尿液等 ， 物种涵盖：人﹑小鼠﹑大鼠﹑拟南芥﹑果蝇﹑酵母﹑非洲爪蟾等 。
云序生物eccDNA相关产品
组织细胞环状 DNA 测序
血清血浆环状 DNA 测序
血清血环状 DNA 甲基化测序
环状 DNA Sanger 测序验证
A&A Biotechnology 环状 DNA 纯化柱
1.组织细胞环状DNA测序
云序生物基于circle-seq的方法 ， 采用多种手段包括柱纯化去除基因组DNA、酶消化去除线性DNA和线粒体DNA、滚环扩增放大信号 ， 高效地纯化和富集环状DNA ， 再利用NGS测序和生信分析识别环状DNA 。 结合优化的实验流程 ， 本环状DNA测序服务具有检出率高﹑准确性好等优点 。
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云序生物eccDNA测序实验示意图
技术优势：
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