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同源性问题是哲学探究纠缠不清的理论背景和假设的最后一个例子：一个字符的两个实例何时被认为是同一字符的实例 ， 在什么意义上？格里菲斯和布里甘特认识到同源性的不同概念 。 同源性的分类方法 ， 在系统学和哲学中最为人所知 ， 使用生物体之间的相似点进化发育生物学的发现一起出现了第三种同源性方法：表型水平的同源性可能与发育过程的同源性和基因组水平的同源性脱钩 。 因此 ， 深度水平成为同源性的必要规范 。 格里菲斯和布里甘特认为不同的同源概念不仅兼容而且互补 ， 并引发了对其关系的一系列反思 。
查尔斯·达尔文认为自然选择是谱系变化、分裂和分歧的机制 。 因此 ， 自然选择是进化论中最基本的概念 。 达尔文的自然选择公式 ， 被许多实证研究证实 ， 基本上是口头的 。 在达尔文之后 ， 自然选择的定义经历了多样化和逐步完善 。 20 世纪创建的自然选择数学模型使这一过程更加精确 ， 因为种群遗传学引入了诸如适应度和选择压力等技术术语 ， 并建立了不同的公式来量化自然选择并测量其强度和影响 。 但是种群遗传学和数学并没有穷尽以理论和一般方式制定自然选择的任务 ， 生物学哲学家最终变得非常积极地参与其中 。 专家阐述了自然选择的经典抽象 。 它基于变异、适应性和遗传力 。 今天的哲学家承认这种说法的价值 ， 但他们同时也批评它过于简单和过于苛刻 ， 将其归于一类食谱描述 ， 列出了所谓的自然选择的少数和简单的成分 。
亲属选择基于亲属之间的共享继承 。 如果社会捐赠者的特征增加了捐赠者的近亲的适应度 ， 他们预计会在人群中传播 ， 他们可能是相同特征的携带者 。 包容性健身是由携带者的生存和繁殖加上亲属的生存和繁殖得出的性状的适应性 。 基于这些数学发现的道金斯的“自私基因”隐喻受到许多生物学家的欢迎 ， 将其作为日常工作中的澄清工具 。 它对公众对科学认知的影响是另一回事 ， 稍后将在文章中讨论 。 一些生物学哲学家参与了这个隐喻 ， 要么发展它 ， 要么更经常地批评它 。 几位哲学家试图找到表征自然选择的其他方法 。 我们已经提到了 专家在这个问题上的工作。 专家也将进化论描述为一种力的理论 ， 将种群遗传学描述为一种“平衡模型”的理论 。 随着 21 世纪之交 ， 对自然选择及其有利条件的抽象描述再次蓬勃发展 。 复制者-相互作用者的解释过于苛刻和狭隘 ， 对自然选择的发生提出了不必要的要求 。 种群的概念是至关重要的：种群的某些特征使其成为“典型的达尔文式” ， 从而使自然选择发生 。 这种描述的一个启发性想法是它们可能用于评估不同层次和不同领域的单位之间的自然选择操作 。
达尔文认为自然选择主要发生在个体之间：个体有机体是选择的单位 。 但后期达尔文引入了“群体选择””用于解释人类和社会昆虫的一些特征 。 群体被预示为一个更大的选择单位 ， 群体选择似乎是对危害个人利益的特征的解释 ， 例如合作和放弃 。 在 1960 年代 ， 进化模型表明群体选择需要反复隔离、混合和重新隔离 ， 即条件太窄而无法在自然界中以任何显着频率发现 。 拒绝组选；特质不会仅仅因为它们对一个群体有好处而进化 ， 它们必须从一开始就在个体间的竞争中具有选择性的优势 。 在 1970 年代 ， 一些生物学哲学家与进化生物学家和社会科学家一起参与了一场运动 ， 试图将群体选择发展为一个科学上受人尊敬的概念 。 与此同时 ， 亲属选择已成为对群体有益、无私的特征的一种潜在替代解释 ， 导致许多科学家得出结论 ， 如果群体成员是亲属 ， 群体选择可能是显而易见的 ， 并被重新描述为亲属选择 。
哲学家直接参与了辩论 ， 有时直接与生物学家合作 。 1984 年 ， 群体适应度的“海市蜃楼”被视为个体适应度的统计总和：结果可能是某些群体比其他群体更好 。 然而 ， 这并不意味着选择对群体有益” 。 在许多情况下 ， 基于个体的假设比群体水平的表征更简单 ， 因此简约原则建议不要添加解释机制 。 然而 ， 更一般地说 ， “群体、亲属和个人选择需要解开 ， 它们的区别明确” 。 事实上 ， 选择框架单元中的概念困难和谬误是吸引哲学家参与这场辩论的因素 。 通过更仔细的概念分析和加入生物学家的工作 ， 专家改变了关于群体选择的想法 。 大多数哲学家现在认为 ， 无私的特质可以通过某种弱意义的特质水平选择、有机体选择和群体选择的组合 ， 以及进化实体层次结构的倍增和“适应性的扩展分类”来解释或变得合理 。 考虑了增选的副产品和功能转变 。
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