通信技术|一个咖啡杯装下全世界的数据 DNA存储芯片神奇在哪?( 三 )
DNA 是由四种碱基结合成碱基对,并组成螺旋结构 。四种碱基分别是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C),然后依据碱基互补配对原则,来排列 DNA 分子储存遗传信息 。这四个代码也为 DNA 存储芯片提供了一个合适的编码环境 。
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▲ DNA 分子结构示意图
DNA 存储技术包括信息编码、存储、检索、解码四个步骤 。在计算机中,数据存储需要用二进制 0 和 1 来表示,使用 DNA 来存储数据首先需要将 0 和 1 转化为 DNA 中的四个碱基 A、C、T、G,创建具有正确碱基序列的 DNA 螺旋结构 。合成 DNA 后在体内或体外进行存储 。在解码时,DNA 测序仪会转录该 DNA 结构中的碱基序列,通过解码软件将其转化为 0 和 1,还原数据信息 。
2012 年,哈佛大学的研究团队证实,DNA 可以作为一种和硬盘驱动器、磁带类似的存储介质 。他们通过 DNA 对数字信息进行编码,包括 53400 字节的 HTML 草稿,11 张 JPG 图片和一个 JavaScript 程序,利用位与碱基一对一映射,但这种方式会使得相同碱基长时间运行,测序过程容易出错 。
这种简单的一对一编码形式,在 2013 年得到了突破 。欧洲生物信息学研究所(EBI)的研究人员在论文中称,他们已经实现了超过 500 万位数据的存储、检索和复制,并且所有 DNA 文件都以 99.99% 到 100% 的准确度再现了信息 。在编码过程中,研究小组加入了纠错编码方案,并采用了可通过序列识别的重叠短寡核苷酸的编码方式 。
此后,哥伦比亚大学、华盛顿大学、帝国理工学院等研究团队都开展了一系列研究 。
为了证明 DNA 编码数据的长期稳定性,2015 年 2 月 4 日,苏黎世联邦理工学院的研究人员在国际顶级期刊 Angewandte Chemie International Edition 上发表了相关论文,研究人员通过 Reed-Solomon 纠错编码和溶胶、凝胶将 DNA 封装在二氧化硅玻璃球中来增加冗余,而这可能是 DNA 存储芯片的最早期形态 。
2021 年 11 月起,多个研究团队公布了 DNA 存储芯片研究的新进展,包括我国东南大学、微软研究院、伊利亚诺州西北大学以及佐治亚理工学院的研究小组 。
11 月 12 日,我国东南大学生物科学与医学工程学院、生物电子学国家重点实验室的刘宏团队成功将校训“止于至善”存入一段 DNA 序列中,该论文发表于 Science Advances 。
为了实现 DNA 存储的微型化、集成化、自动化,该研究小组对测序过程进行了优化 。基于电化学的单电极 DNA 合成和测序方法,通过电化学脱保护技术改进传统亚磷酰胺化学合成方法,并基于电荷震荡现象对电极表面的 DNA 分子进行测序,成功将校训进行编码和解码 。
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